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Taiwan Bioinformatics Institute

蛋白質結構預測 (AlphaFold2實作) 與大規模比對搜索

簡介：

自2014年Google-DeepMind開發人工智慧圍棋系統AlphaGo挑戰人類棋王屢創佳績以來，人工智慧發展一日千里。AlphaGo於2017年在國際個人賽及團體賽皆完勝人類棋王後，將其人工智慧技術投入蛋白質結構預測演算法之開發，並於2018年在國際蛋白質結構預測雙年賽CASP中，以準確率遠勝全球所有結構預測方法之姿，發布了AlphaFold演算法。兩年後，2020 CASP比賽中，第二代演算法AlphaFold2甚至創下了蛋白質預測準確度指標GDT 87%的超高分。由於過去人們認為蛋白質結構預測之準確度極限大約是88%，AlphaFold2的高準確率，讓全球科學界驚嘆：人類50年來的蛋白質結構預測夢想，似乎已然實現！

雖然AlphaFold2仍有不少缺點，但在多數應用情境中已能滿足絕大部分需求，因此該演算法一經發布，許多蛋白質工程、蛋白質藥物設計、蛋白質功能鑑定、環境基因體學等領域，都因為它而大幅加速進展。可以說，在可見的未來幾年，會不會使用AlphaFold2蛋白質結構預測系統，將是鑑別生物科技領域人才能力水平的一個重要指標。

發表AlphaFold2之後，Google-DeepMind在蛋白質生物科技領域繼續挺進，著手將人類所有已知的蛋白質胺基酸序列之結構預測出來。至今，他們已預測出超過兩億筆結構，將人類手上擁有的蛋白質結構資料量提升了一千多倍。如此龐大資料，如何分析、比對、搜索，成了大問題。本課程講師羅惟正老師曾在國立清華大學呂平江教授指導下，開發出全球效率最頂尖的蛋白質結構比對搜索演算法SARST (Structural similarity search Aided by Ramachandran Sequential Transformation)，相當符合當前蛋白質結構大數據分析之時代需求。

本課程將講授蛋白質結構預測及大規模結構比對搜索，以AlphaFold2及SARST為靈魂，貫串五小時中各子主題。分列如下：

1. 蛋白質結構資料庫簡介
2. 蛋白質序列比對搜索
3. 蛋白質結構預測方法概論及建模法 (structure modeling) 實作
4. AlphaFold2演算法概論與實作1: Python語言基本能力
5. AlphaFold2實作2: 學員自選材料之結構預測
6. SARST高效能蛋白質結構比對搜索演算法概論與演習

我們在歷次蛋白質結構課程問卷調查中發現，有許多學員對AlphaFold2蛋白質結構預測的實作練習極感興趣，相信本次課程可以讓大家對AlphaFold2簡單上手、結構預測順手應用，歡迎踴躍報名參加。

課程資訊：

時間：2024年03月19日(星期二) 09:00-15:00

地點：國立陽明交通大學 光復校區資訊技術服務中心一樓 PC4教室

報名費用：1200元

上課人數：40人

議程:

2024年3月19日(星期二)
主題：蛋白質結構預測 (AlphaFold2實作) 與大規模比對搜索

• 羅惟正-國立陽明交通大學生物科技學系 副教授

報名方式：

1. 線上報名：請至活動報名網頁報名，即日起至2024年03月13日或額滿為止。
2. 線上報名後，請在5日內繳費完畢且在2024年03月13日前完成，完成繳費，方視為報名成功。

 

繳費方式：

1. 匯款轉帳
   於線上報名後會收到繳費通知與回條說明，請在5日內且在2024年03月13日前轉帳/匯款至
   台新銀行-建北分行（銀行代號：812）
   帳號：００４－１０－０７０５５７－７－００
   戶名：財團法人國家衛生研究院
   轉帳完成後，當天請回覆回條內容。

2. 若未能於期限前繳費完成者，請事前通知，如逾期未繳視同未報名完成，自動失去報名名額，如有需要請與課程承辦人聯絡。

注意事項：

1. 報名成功者會 E-mail通知上課說明，敬請於報名後5日內且113年3月13日前繳費完畢；若未能於期限前繳費完成，請事前通知。敬請務必提供正確的E-mail以便寄發報到通知，未收到者請您來電詢問，謝謝！
2. 繳費完成者如不克參加，恕不退費；發票開立若需抬頭統編請於回條告知，並請妥善留存備查。
3. 電腦教室不能攜帶飲料進出 (包含食物、飲料)。
4. 本課程提供午餐。
5. 全程參與發給上課時數證明。
6. 如遇額滿情況，可寄信給承辦人預約後補。

洽詢方式：

國家衛生研究院 生醫資源中心　齊小姐
電話：(037) 206166 轉 33602
傳真：(037) 586410
E-mail：susanchi@nhri.edu.tw