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Taiwan Bioinformatics Institute

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國家衛生研究院辦理「次世代定序數據分析軟體之應用研習會」,自即日起開放報名!
本活動為「生技醫藥生物資訊核心設施」舉辦之電腦實機操作研習會。次世代定序所產生龐大的資料量,在資料分析時常造成生物背景的研究者的困境。藉由商用分析軟體的協助,能讓生物背景研究者可自行操作一些統計分析與圖表,不再望資料而興嘆。本次課程內容包含基礎理論、實際應用到進階實機操作,我們將邀請 Partek NGS 分析軟體工程師講解 Partek Flow分析功能、操作介面及 NGS 分析流程建議等,進一步透過實機練習讓使用者學會RNA-SeqChIP-SeqNGS數據之分析。期望此課程能提供給利用次世代定序進行相關領域研究的人員及學生在實驗數據分析上之助益,歡迎對 NGS 資料分析有興趣的師生踴躍參加!課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20170622.php (公佈日期:2017-05-31)

國家衛生研究院辦理「MicroRNA生物資訊分析研習會」,自即日起開放報名!
本活動為「轉譯醫學暨生技研發之生物資訊核心設施」舉辦之電腦實機操作研習會。本研究團隊在miRNA研究超過10年,除了發展許多世界知名的生物資訊分析工具及資料庫如miRTarBase之外,也有許多傑出的合作研究成果(如 Science, Molecular Cell, JCI, Circulation等)。本次研習課程,將由黃憲達教授先簡介miRNA並且帶大家綜觀許多重要研究成果,是如何透過生物資訊整合分析而有重大發現或突破。接下來將由黃憲達教授的團隊講解與上機實習,在miRNA研究上,重要的資料庫和分析工具。內容豐富實用,歡迎踴躍報名參加!課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20170112A.php (公佈日期:2016-12-20)

國家衛生研究院辦理「生醫文獻探勘技術應用研習會」,自即日起開放報名!
本活動為「轉譯醫學暨生技研發之生物資訊核心設施」舉辦之電腦實機操作研習會。PubMed是由美國的National Center for Biotechnology Information所開發,存放最多生醫文獻,也是生醫研究人員在研究過程中最依賴的資料庫。文獻的蒐集及分析是現在正面臨的一大問題,因此,在此研習課程中,將依序介紹如何透過現在最熱門的Python語言及強大的機器學習工具--WEKA,實現文獻探勘技術及分析方法,建構自動化的文獻資料處理流程。內容豐富實用,歡迎踴躍報名參加!課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20170112B.php (公佈日期:2016-12-20)

國家衛生研究院辦理「癌症基因體高通量數據分析研習會」,自即日起開放報名!
本活動為「轉譯醫學暨生技研發之生物資訊核心設施」舉辦之電腦實機操作研習會。本研習會以一系列之課程講解及實例操作,讓學員們快速熟悉癌症基因體研究中之重要概念及工具。本次研習會將以基因表現資料為主要素材,介紹(1)基因體高通量數據分析之前處理,(2)公用資料庫之中大量基因表現數據之利用,及(3)GSEA生物路徑分析法。本研習會可以幫助學員以適當題材與方法切入癌症基因體學研究,並能充分利用公用基因表現資料建構與臨床意義或病理特徵相關之癌細胞生物路徑。。內容豐富實用,歡迎踴躍報名參加!課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20170117.php (公佈日期:2016-12-20)

國家衛生研究院辦理「結構生物資訊分析研習會」,自即日起開放報名!
本活動為「轉譯醫學暨生技研發之生物資訊核心設施」舉辦之電腦實機操作研習會,本研習會主要以實例讓學員們快速應用結構生物資訊分析工具,熟悉蛋白質基礎結構特性,實作蛋白質結構模擬(modeling)與預測,同時搭配3D結構視覺化軟體(PyMOL)實地操作,提供學員系統性的概念與操作學習,有助於探討目標蛋白質結構相關的功能特性。內容豐富實用,歡迎踴躍報名參加!課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course2016120102.php  (公佈日期:2016-11-10)

國家衛生研究院辦理「基因體數據分析研習會」,自即日起開放報名。本活動為「轉譯醫學暨生技研發之生物資訊核心設施」舉辦之電腦實機操作研習會,希望能有效交流目前在定序技術分析的經驗與開發好的分析平台,來加速海量數據分析這個領域的研究能量。內容豐富實用,歡迎踴躍報名參加!課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course2016032930.php (公佈日期:2016-03-22)

家衛生研究院辦理「癌症基因體高通量數據分析研習會」,自即日起開放報名。本活動為「轉譯醫學暨生技研發之生物資訊核心設施」舉辦之電腦實機操作研習會,將以基因表現資料為主要素材,介紹(1) UCSC Genome Browser(2)基因體高通量數據分析之前處理,(3)公用資料庫之中大量基因表現數據之利用,及(4)GSEA生物路徑分析法,內容豐富實用,歡迎踴躍報名參加!課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20160316.php (公佈日期:2016-03-09)

[new]Biomedical text-mining 研習會報名即將截止!
自然語言處理在生醫文獻上之應用研習會,是由TBI Core Facility中研院資訊所許聞廉教授團隊所開發的生醫文獻探勘(biomedical text-mining)工具及分析方法,並帶領學員搭配電腦實際操作,讓學員們瞭解生醫文獻探勘的基礎流程,相信對您日常需要的literature search很有幫助,機會難得,請踴躍參加!

線上報名: http://tpmd2.nhri.org.tw/registry/online_sign.php
研習會網址:http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20160129A.php (公佈日期:2016-01-26)

國家衛生研究院辦理「自然語言處理在生醫文獻上之應用研習會」與「MicroRNA生物資訊分析研習會」,自即日起開放報名。本活動為「轉譯醫學暨生技研發之生物資訊核心設施」舉辦之電腦實機操作研習會。自然語言處理研習課程將由中研院許聞廉教授的團隊介紹目前在生醫文獻探勘領域有許多相關的研究主題,研究人員必須面對到的資料格式都是屬於非結構化的文字敘述,Biomedical semantic role labeling 是可能的解法之一,本課程將依序介紹本核心TBI Core Facility所開發的Biomedical semantic role labeling工具及分析方法,並帶領學員跟著分析流程搭配電腦實地操作,讓學員們快速瞭解自然語言處理的基礎流程;MicroRNA研習課程將由交通大學黃憲達教授的團隊綜觀生物資訊整合分析而有重大發現或突破,並講解與上機實習重要的資料庫和分析工具。
此次訓練課程期望研究人員都能就藉由本核心所開發的分析工具,應用至自己的研究主題中達到事半功倍的效果。內容豐富實用,歡迎踴躍報名參加!課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:http://tpmd2.nhri.org.tw/registry/online_sign.php
  (公佈日期:2016-01-18)

國家衛生研究院辦理「結構生物資訊研習會」,自即日起開放報名。本活動為「轉譯醫學暨生技研發之生物資訊核心設施」舉辦之電腦實機操作研習會,以實例讓學員們快速熟悉蛋白質基礎結構,搭配3D結構視覺化軟體實地操作,提供學員系統性的概念與操作學習,有助於探討目標蛋白質結構相關的功能特性,內容豐富實用,歡迎踴躍報名參加!課程詳細內容與資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20151229.php
本課程為2015研究資源系列活動之一,報名請至:
http://tpmd2.nhri.org.tw/registry/online_sign.php (公佈日期:2015-12-14)

 Databases

Comparative Analysis of Protein Interactions for HIV-1 [NHRI]

Circular Permutation Database [NTHU]

Protein Post-Translational Modification Database [NCTU]

Drosophila Database of Protein Interactomes [NHRI]

Genome Profile Database [NTHU]

H. pylori Database of protein interactomes [NHRI]

Structural Genomics Databases of Helicobacter pylori [NTHU]
Structural Genomics Databases of Klebsiella pneumoniae [NTHU]

Genomic Maps for microRNA [NCTU]

Database of microRNA Transcription Start Site [NCTU]

miRNA-target Interactions Database [NCTU]

Regulatory RNA Motifs and Elements Database [NCTU]

Screening for low complexity DNA sequences and interspersed repeats [mirror at NCKU]
Structural Genomics Databases of Stenotrophomonas maltophili [NTHU]

SNP value-added database [NCKU]

Disulfide Proteins Database [NCTU]

Tumor Associated Gene Database [NCKU]

The Binding Element Searching Tool [NCKU]

Taiwan Polymorphism Marker Database [NHRI]

Structural Genomics Databases of Xanthomonas campestris [NTHU]

A liver cancer biomarker interactive curation system combining text mining and expert annotations [IASL]

This database serves as a research tool and an overview on variations of disease candidate genes [IASL]

A web application for annotating biomedical entities and relations [IASL]

   
 Downloadable Analysis Tools

Software for two-channel cell-based RNAi data [NHRI]

A software platform for GEnome-scale Metabolic model Simulation, Reconstruction and Visualization, GEMSiRV

A software for contig Integrator for Sequence Assembly [NHRI]

An automated analysis tool for label-free quantitative proteomics [IASL]

An automated data analysis tool for multiplexed protein quantitation based on iTRAQ labeling method [IASL]

An automated quantitation tool, which utilizes XICs acquired from isotope labeling techniques for quantitation analysis [IASL]

An automated tool for glycopeptide identification and glycan composition determination [IASL]

 AnalysisTools Online

 - Homology & Similarity

BLAST Search at NCKU
BLAST against PDB protein databank at NTHU
BLAST against Motif/Domain database at NTHU
BLAST against customized database (the databases built by yourself) [NHRI, Sinica]
   

 - Sequence Analysis

Analysis Tools for Influzena Virus Surveillance [NHRI]
Retrive a small peptide fragment sequence from a collection of PDB sequences [NCTU]
Web-based Multiple Sequence Alignment [NTHU]
Deep-sequencing small RNA analysis pipeline [NTHU, CGU]
Identification and evolutionary analysis of novel exons and alternative splicing events [Sinica, NHRI]
A Web interface for visualizing ESTs [Sinica, NHRI]
Web-based gene prediction service [NTHU]
Predict phosphorylation sites within given protein sequences [NCTU]
Multiple Sequence Alignment with Constraints [NCTU]
Primer Design Assistant [NHRI]
A Comparative Method for Identification of Gene Structures and Alternatively Spliced Variants [Sinica, NHRI]
An information repository for mRNA alternative splicing in human genome [NCTU]
Identify conserved sequence elements associated to mRNA splicing [NCTU]
Unique Probe Selector [Sinica, NHRI]
Monitoring of human influenza variants
Identification of cytotoxic T lymphocyte epitopes for swine viruses
 

 - Comparative Genomics

Web tool for Mammalian Phenotype Enrichment Analysis [NHRI]
Drosophila phenotype enrichment analysis for insect functional genomics [NHRI]
   

 - Phylogenetic Analysis

Phylogenetic reconstruction by Automatic Likelihood Model selector [Sinica, NHRI]
Phylogenetic Web Repeater [NHRI]
   

 - Topology Prediction

Prediction of protein subcellular localization [NCTU]
pKNOT: the protein KNOT web server [NCTU]
   

 - Structural Analysis

Protein Structure Prediction Server [NCTU]
Protein structure search [NCTU]
Circular Permutation Search Aided by Ramachandran Sequential Transformation [NTHU]
Generic Evolutionary Method for molecular DOCKing [NCTU]
Integrated Service of Structure Similarity Search Aided by Ramachandran Sequential Transformation [NTHU]
Structure Alignment by Ramachandran Search Tool [NTHU]
Sequence Derived Structure Entropy [NCTU]
Structural Entropy Query [NCTU]
Melting Temperature Prediction : Predict thermal stability of proteins [NTHU]
 

 - Miscellaneous Tools

Annotated feature extractor from Genbank [Sinica, NHRI]
A Java plugin for Cytoscape [Sinica, NHRI]
European Molecular Biology Open Software Suite [NHRI]
EMBOSS Graphical User Interface: EMBOSS explorer [NHRI]
Wisconsin Sequence Analysis Package [NHRI]
Hub OBjects Analyser, a web-based service designed to explore the essential nodes in a network [Sinica, NHRI]
Java user interface of EMBOSS [NHRI]
KEGG Pathway Search Tool [NTHU]
Reniforced Merging Algorithms [NTHU]
Web-based GCG [NHRI]