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Taiwan Bioinformatics Institute

 What's New
【活動因颱風來襲公告】
【高通量資料分析研習會:以具臨床應用性之基因表現標記分析為例(7/11場次)】,因應颱風來襲,若台北市或苗栗縣停止上班上課,本次課程將延期至8/28(二)舉辦;若颱風轉向,將如期於7/11(三)開課。若造成您的不便,敬請見諒!
 請您隨時注意人事行政局公告:https://www.dgpa.gov.tw/typh/daily/nds.html?uid=31
 【配套措施】
Ø 若您能配合上課時間出席,則不辦理退款。
Ø若您無法配合上課時間出席,所收取費用如數退回。 (公佈日期:2018-07-10)
大數據分析是當今及未來健康科學中最重要及最經常性的工作,為促進產、官、學界專家交流,增進大數據研發及產業發展,國家衛生研究院群體健康科學研究所與生醫資源中心、衛福部、科技部生技醫藥核心設施平台、衛福部衛生福利資料科學中心國家衛生研究院研究分中心以及ICSA-Taiwan Chapter合作,邀請國內外產官學相關領域學者專家,於健康科學大數據研討會發表最新發展,歡迎對大數據有興趣的研究同好踴躍參加!會議詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:http://www.tbi.org.tw/big-data-conf-2018/wp/ (公佈日期:2018-05-28)
能夠有效分析並利用以大規模臨床檢體之基因組表現研究計畫所產生之高通量基因表現數據,正是當代研究者據以進入精準醫學殿堂之基礎。本次研習將分享如何著重再現性、統計推論、以及生物路徑解釋的分析經驗與心得,並邀請已有相關臨床應用產品/潛力之業界分享NanoString平台相關資訊。我們期望經由本課程的講解與實作,能讓學員具體了解本核心設施對基因組表現數據的分析步驟。亦將再次講解如何利用GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)所提供之友善且免費的使用者界面,進一步產出高通量數據的生物路徑層次之註解。課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20180416.php (公佈日期:2018-03-28)
以Discovery Studio(DS)為基礎使用者除了熟習軟體功能及應用層面外,更能透過實機練習進一步學會處理各種小分子之理論模擬計算、分子Structure /ligand-based的策略和操作,並以分子結構為基礎之交互作用性預測功能(包含Docking, Pharmacophore等方法)。課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20180314.php (公佈日期:2018-02-23)
為便利各地學者能就近參與生物資訊分析實務課程,此次研習會首度移師東岸,將在宜蘭大學舉辦,本研習會包括「次世代定序數據分析與應用」與「癌症基因體與大數據資料處理分析」等兩大主題,以簡明互動的授課方式,讓學員經由實機操作熟悉相關軟體、資料庫及數據處理的方法。期望此研習會能提供相關領域之研究學者及學生在實驗數據分析上之助益,歡迎對生物資訊分析有興趣的師生踴躍參加。課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20180222.php (公佈日期:2018-02-01)
本核心設施在新世代生物資訊分析豐富的實戰經驗與所建置的分析平台,提供基礎理論、實際應用到進階實機操作。讓研究者於日後面對基因體數據需進行分析及其產生之數據,不再一籌莫展無所適從。此次研習會主要為「功能性基因體分析」與「微生物基因體分析」兩大主題,以簡明的方式讓學員們快速熟悉各種相關資料庫及研究平台的使用。課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop.php#d17 (公佈日期:2017-09-21)
PubMed是由美國的National Center for Biotechnology Information所開發,存放最多生醫文獻,也是生醫研究人員在研究過程中最依賴的資料庫,研究人員該如何從如此巨量的文獻資料中找到與自己研究相關的文獻,文獻的蒐集及分析是現在正面臨的一大問題。本核心針對文獻探勘技術的現況,設計一系列課程。此研習課程將依序介紹文獻探勘技術及分析方法應用在生醫文獻中,透過建構自動化的文獻資料處理流程,從巨量的生醫文獻擷取出各疾病相關的生物標誌(biomarker)。第二部分將專注介紹社群媒體的文字探勘技術以及目前最熱門的深度學習應用於社群媒體探勘,並帶領學員跟著分析流程實際操作。課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20171017.php
  (公佈日期:2017-09-21)
為便利各地學者能就近參與生物資訊分析實務課程,本次研習會將於台南成功大學與北部清華大學各舉辦一場,期望此研習會能提供基因體與蛋白質結構之相關領域研究的人員及學生在實驗數據分析上之助益,歡迎對生物資訊分析有興趣的師生踴躍參加。本研習會以本核心所開發或建置的基因體分析與生物資訊網路工具為主,所有課程均搭配電腦實地操作,課程包括「基因體分析系列」與「蛋白質結構生物資訊分析與應用」等兩大主題,以簡明的方式讓學員們快速熟悉各種相關資料庫及研究平台的使用。課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20170810.php (公佈日期:2017-07-19)
國家衛生研究院辦理「高通量資料分析研習會:以基因體甲基化資料分析為例」,自即日起開放報名!
本次研習會旨在研討如何利用高通量數據(high-throughput data)特性所提供之特殊機會,來提高生物醫學實驗之真實性(validity)與再現性(reproducibility),並促進各相關領域的合作。基因體甲基化是表觀遺傳學(epigenetics)研究的重要一環,是在研究DNA序列不改變的情況下,DNA甲基化修飾與基因表達變化或細胞性狀(phenotype)改變之關係與機轉。目前已知癌症形成與惡化、胚胎發育、老化過程,或是環境暴露、藥物反應等,均與基因體甲基化有著密切的關係。本次課程將以研究者常用之主流平台之一:Illumina的DNA methylation array之數據分析為例,介紹此類基因體甲基化實驗所得高通量數據之特性,分享如何著重再現性、統計推論、以及生物路徑解釋的分析經驗與心得。課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20170714.php (公佈日期:2017-06-29)
國家衛生研究院辦理「次世代定序數據分析軟體之應用研習會」,自即日起開放報名!
本活動為「生技醫藥生物資訊核心設施」舉辦之電腦實機操作研習會。次世代定序所產生龐大的資料量,在資料分析時常造成生物背景的研究者的困境。藉由商用分析軟體的協助,能讓生物背景研究者可自行操作一些統計分析與圖表,不再望資料而興嘆。本次課程內容包含基礎理論、實際應用到進階實機操作,我們將邀請 Partek NGS 分析軟體工程師講解 Partek Flow分析功能、操作介面及 NGS 分析流程建議等,進一步透過實機練習讓使用者學會RNA-SeqChIP-SeqNGS數據之分析。期望此課程能提供給利用次世代定序進行相關領域研究的人員及學生在實驗數據分析上之助益,歡迎對 NGS 資料分析有興趣的師生踴躍參加!課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20170622.php (公佈日期:2017-05-31)
 Databases

Comparative Analysis of Protein Interactions for HIV-1 [NHRI]

Circular Permutation Database [NTHU]

Protein Post-Translational Modification Database [NCTU]

Drosophila Database of Protein Interactomes [NHRI]

Genome Profile Database [NTHU]

H. pylori Database of protein interactomes [NHRI]

Structural Genomics Databases of Helicobacter pylori [NTHU]
Structural Genomics Databases of Klebsiella pneumoniae [NTHU]

Genomic Maps for microRNA [NCTU]

Database of microRNA Transcription Start Site [NCTU]

miRNA-target Interactions Database [NCTU]

Regulatory RNA Motifs and Elements Database [NCTU]

Screening for low complexity DNA sequences and interspersed repeats [mirror at NCKU]
Structural Genomics Databases of Stenotrophomonas maltophili [NTHU]

SNP value-added database [NCKU]

Disulfide Proteins Database [NCTU]

Tumor Associated Gene Database [NCKU]

The Binding Element Searching Tool [NCKU]

Taiwan Polymorphism Marker Database [NHRI]

Structural Genomics Databases of Xanthomonas campestris [NTHU]

A liver cancer biomarker interactive curation system combining text mining and expert annotations [IASL]

This database serves as a research tool and an overview on variations of disease candidate genes [IASL]

A web application for annotating biomedical entities and relations [IASL]

   
 Downloadable Analysis Tools

Software for two-channel cell-based RNAi data [NHRI]

A software platform for GEnome-scale Metabolic model Simulation, Reconstruction and Visualization, GEMSiRV

A software for contig Integrator for Sequence Assembly [NHRI]

An automated analysis tool for label-free quantitative proteomics [IASL]

An automated data analysis tool for multiplexed protein quantitation based on iTRAQ labeling method [IASL]

An automated quantitation tool, which utilizes XICs acquired from isotope labeling techniques for quantitation analysis [IASL]

An automated tool for glycopeptide identification and glycan composition determination [IASL]

 AnalysisTools Online

 - Homology & Similarity

BLAST Search at NCKU
BLAST against PDB protein databank at NTHU
BLAST against Motif/Domain database at NTHU
BLAST against customized database (the databases built by yourself) [NHRI, Sinica]
   

 - Sequence Analysis

Analysis Tools for Influzena Virus Surveillance [NHRI]
Retrive a small peptide fragment sequence from a collection of PDB sequences [NCTU]
Web-based Multiple Sequence Alignment [NTHU]
Deep-sequencing small RNA analysis pipeline [NTHU, CGU]
Identification and evolutionary analysis of novel exons and alternative splicing events [Sinica, NHRI]
A Web interface for visualizing ESTs [Sinica, NHRI]
Web-based gene prediction service [NTHU]
Predict phosphorylation sites within given protein sequences [NCTU]
Multiple Sequence Alignment with Constraints [NCTU]
Primer Design Assistant [NHRI]
A Comparative Method for Identification of Gene Structures and Alternatively Spliced Variants [Sinica, NHRI]
An information repository for mRNA alternative splicing in human genome [NCTU]
Identify conserved sequence elements associated to mRNA splicing [NCTU]
Unique Probe Selector [Sinica, NHRI]
Monitoring of human influenza variants
Identification of cytotoxic T lymphocyte epitopes for swine viruses
 

 - Comparative Genomics

Web tool for Mammalian Phenotype Enrichment Analysis [NHRI]
Drosophila phenotype enrichment analysis for insect functional genomics [NHRI]
   

 - Phylogenetic Analysis

Phylogenetic reconstruction by Automatic Likelihood Model selector [Sinica, NHRI]
Phylogenetic Web Repeater [NHRI]
   

 - Topology Prediction

Prediction of protein subcellular localization [NCTU]
pKNOT: the protein KNOT web server [NCTU]
   

 - Structural Analysis

Protein Structure Prediction Server [NCTU]
Protein structure search [NCTU]
Circular Permutation Search Aided by Ramachandran Sequential Transformation [NTHU]
Generic Evolutionary Method for molecular DOCKing [NCTU]
Integrated Service of Structure Similarity Search Aided by Ramachandran Sequential Transformation [NTHU]
Structure Alignment by Ramachandran Search Tool [NTHU]
Sequence Derived Structure Entropy [NCTU]
Structural Entropy Query [NCTU]
Melting Temperature Prediction : Predict thermal stability of proteins [NTHU]
 

 - Miscellaneous Tools

Annotated feature extractor from Genbank [Sinica, NHRI]
A Java plugin for Cytoscape [Sinica, NHRI]
European Molecular Biology Open Software Suite [NHRI]
EMBOSS Graphical User Interface: EMBOSS explorer [NHRI]
Wisconsin Sequence Analysis Package [NHRI]
Hub OBjects Analyser, a web-based service designed to explore the essential nodes in a network [Sinica, NHRI]
Java user interface of EMBOSS [NHRI]
KEGG Pathway Search Tool [NTHU]
Reniforced Merging Algorithms [NTHU]
Web-based GCG [NHRI]