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Taiwan Bioinformatics Institute

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本核心設施在新世代生物資訊分析豐富的實戰經驗與所建置的分析平台,提供基礎理論、實際應用到進階實機操作。讓研究者於日後面對基因體數據需進行分析及其產生之數據,不再一籌莫展無所適從。此次研習會主要為「功能性基因體分析」與「微生物基因體分析」兩大主題,以簡明的方式讓學員們快速熟悉各種相關資料庫及研究平台的使用。課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop.php#d17 (公佈日期:2017-09-21)

PubMed是由美國的National Center for Biotechnology Information所開發,存放最多生醫文獻,也是生醫研究人員在研究過程中最依賴的資料庫,研究人員該如何從如此巨量的文獻資料中找到與自己研究相關的文獻,文獻的蒐集及分析是現在正面臨的一大問題。本核心針對文獻探勘技術的現況,設計一系列課程。此研習課程將依序介紹文獻探勘技術及分析方法應用在生醫文獻中,透過建構自動化的文獻資料處理流程,從巨量的生醫文獻擷取出各疾病相關的生物標誌(biomarker)。第二部分將專注介紹社群媒體的文字探勘技術以及目前最熱門的深度學習應用於社群媒體探勘,並帶領學員跟著分析流程實際操作。課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20171017.php
  (公佈日期:2017-09-21)

為便利各地學者能就近參與生物資訊分析實務課程,本次研習會將於台南成功大學與北部清華大學各舉辦一場,期望此研習會能提供基因體與蛋白質結構之相關領域研究的人員及學生在實驗數據分析上之助益,歡迎對生物資訊分析有興趣的師生踴躍參加。本研習會以本核心所開發或建置的基因體分析與生物資訊網路工具為主,所有課程均搭配電腦實地操作,課程包括「基因體分析系列」與「蛋白質結構生物資訊分析與應用」等兩大主題,以簡明的方式讓學員們快速熟悉各種相關資料庫及研究平台的使用。課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20170810.php (公佈日期:2017-07-19)

國家衛生研究院辦理「高通量資料分析研習會:以基因體甲基化資料分析為例」,自即日起開放報名!
本次研習會旨在研討如何利用高通量數據(high-throughput data)特性所提供之特殊機會,來提高生物醫學實驗之真實性(validity)與再現性(reproducibility),並促進各相關領域的合作。基因體甲基化是表觀遺傳學(epigenetics)研究的重要一環,是在研究DNA序列不改變的情況下,DNA甲基化修飾與基因表達變化或細胞性狀(phenotype)改變之關係與機轉。目前已知癌症形成與惡化、胚胎發育、老化過程,或是環境暴露、藥物反應等,均與基因體甲基化有著密切的關係。本次課程將以研究者常用之主流平台之一:Illumina的DNA methylation array之數據分析為例,介紹此類基因體甲基化實驗所得高通量數據之特性,分享如何著重再現性、統計推論、以及生物路徑解釋的分析經驗與心得。課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20170714.php (公佈日期:2017-06-29)

國家衛生研究院辦理「次世代定序數據分析軟體之應用研習會」,自即日起開放報名!
本活動為「生技醫藥生物資訊核心設施」舉辦之電腦實機操作研習會。次世代定序所產生龐大的資料量,在資料分析時常造成生物背景的研究者的困境。藉由商用分析軟體的協助,能讓生物背景研究者可自行操作一些統計分析與圖表,不再望資料而興嘆。本次課程內容包含基礎理論、實際應用到進階實機操作,我們將邀請 Partek NGS 分析軟體工程師講解 Partek Flow分析功能、操作介面及 NGS 分析流程建議等,進一步透過實機練習讓使用者學會RNA-SeqChIP-SeqNGS數據之分析。期望此課程能提供給利用次世代定序進行相關領域研究的人員及學生在實驗數據分析上之助益,歡迎對 NGS 資料分析有興趣的師生踴躍參加!課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20170622.php (公佈日期:2017-05-31)

國家衛生研究院辦理「MicroRNA生物資訊分析研習會」,自即日起開放報名!
本活動為「轉譯醫學暨生技研發之生物資訊核心設施」舉辦之電腦實機操作研習會。本研究團隊在miRNA研究超過10年,除了發展許多世界知名的生物資訊分析工具及資料庫如miRTarBase之外,也有許多傑出的合作研究成果(如 Science, Molecular Cell, JCI, Circulation等)。本次研習課程,將由黃憲達教授先簡介miRNA並且帶大家綜觀許多重要研究成果,是如何透過生物資訊整合分析而有重大發現或突破。接下來將由黃憲達教授的團隊講解與上機實習,在miRNA研究上,重要的資料庫和分析工具。內容豐富實用,歡迎踴躍報名參加!課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20170112A.php (公佈日期:2016-12-20)

國家衛生研究院辦理「生醫文獻探勘技術應用研習會」,自即日起開放報名!
本活動為「轉譯醫學暨生技研發之生物資訊核心設施」舉辦之電腦實機操作研習會。PubMed是由美國的National Center for Biotechnology Information所開發,存放最多生醫文獻,也是生醫研究人員在研究過程中最依賴的資料庫。文獻的蒐集及分析是現在正面臨的一大問題,因此,在此研習課程中,將依序介紹如何透過現在最熱門的Python語言及強大的機器學習工具--WEKA,實現文獻探勘技術及分析方法,建構自動化的文獻資料處理流程。內容豐富實用,歡迎踴躍報名參加!課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20170112B.php (公佈日期:2016-12-20)

國家衛生研究院辦理「癌症基因體高通量數據分析研習會」,自即日起開放報名!
本活動為「轉譯醫學暨生技研發之生物資訊核心設施」舉辦之電腦實機操作研習會。本研習會以一系列之課程講解及實例操作,讓學員們快速熟悉癌症基因體研究中之重要概念及工具。本次研習會將以基因表現資料為主要素材,介紹(1)基因體高通量數據分析之前處理,(2)公用資料庫之中大量基因表現數據之利用,及(3)GSEA生物路徑分析法。本研習會可以幫助學員以適當題材與方法切入癌症基因體學研究,並能充分利用公用基因表現資料建構與臨床意義或病理特徵相關之癌細胞生物路徑。。內容豐富實用,歡迎踴躍報名參加!課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course20170117.php (公佈日期:2016-12-20)

國家衛生研究院辦理「結構生物資訊分析研習會」,自即日起開放報名!
本活動為「轉譯醫學暨生技研發之生物資訊核心設施」舉辦之電腦實機操作研習會,本研習會主要以實例讓學員們快速應用結構生物資訊分析工具,熟悉蛋白質基礎結構特性,實作蛋白質結構模擬(modeling)與預測,同時搭配3D結構視覺化軟體(PyMOL)實地操作,提供學員系統性的概念與操作學習,有助於探討目標蛋白質結構相關的功能特性。內容豐富實用,歡迎踴躍報名參加!課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course2016120102.php  (公佈日期:2016-11-10)

國家衛生研究院辦理「基因體數據分析研習會」,自即日起開放報名。本活動為「轉譯醫學暨生技研發之生物資訊核心設施」舉辦之電腦實機操作研習會,希望能有效交流目前在定序技術分析的經驗與開發好的分析平台,來加速海量數據分析這個領域的研究能量。內容豐富實用,歡迎踴躍報名參加!課程詳細內容與報名資訊,請參考網頁說明:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course2016032930.php (公佈日期:2016-03-22)

 Databases

Comparative Analysis of Protein Interactions for HIV-1 [NHRI]

Circular Permutation Database [NTHU]

Protein Post-Translational Modification Database [NCTU]

Drosophila Database of Protein Interactomes [NHRI]

Genome Profile Database [NTHU]

H. pylori Database of protein interactomes [NHRI]

Structural Genomics Databases of Helicobacter pylori [NTHU]
Structural Genomics Databases of Klebsiella pneumoniae [NTHU]

Genomic Maps for microRNA [NCTU]

Database of microRNA Transcription Start Site [NCTU]

miRNA-target Interactions Database [NCTU]

Regulatory RNA Motifs and Elements Database [NCTU]

Screening for low complexity DNA sequences and interspersed repeats [mirror at NCKU]
Structural Genomics Databases of Stenotrophomonas maltophili [NTHU]

SNP value-added database [NCKU]

Disulfide Proteins Database [NCTU]

Tumor Associated Gene Database [NCKU]

The Binding Element Searching Tool [NCKU]

Taiwan Polymorphism Marker Database [NHRI]

Structural Genomics Databases of Xanthomonas campestris [NTHU]

A liver cancer biomarker interactive curation system combining text mining and expert annotations [IASL]

This database serves as a research tool and an overview on variations of disease candidate genes [IASL]

A web application for annotating biomedical entities and relations [IASL]

   
 Downloadable Analysis Tools

Software for two-channel cell-based RNAi data [NHRI]

A software platform for GEnome-scale Metabolic model Simulation, Reconstruction and Visualization, GEMSiRV

A software for contig Integrator for Sequence Assembly [NHRI]

An automated analysis tool for label-free quantitative proteomics [IASL]

An automated data analysis tool for multiplexed protein quantitation based on iTRAQ labeling method [IASL]

An automated quantitation tool, which utilizes XICs acquired from isotope labeling techniques for quantitation analysis [IASL]

An automated tool for glycopeptide identification and glycan composition determination [IASL]

 AnalysisTools Online

 - Homology & Similarity

BLAST Search at NCKU
BLAST against PDB protein databank at NTHU
BLAST against Motif/Domain database at NTHU
BLAST against customized database (the databases built by yourself) [NHRI, Sinica]
   

 - Sequence Analysis

Analysis Tools for Influzena Virus Surveillance [NHRI]
Retrive a small peptide fragment sequence from a collection of PDB sequences [NCTU]
Web-based Multiple Sequence Alignment [NTHU]
Deep-sequencing small RNA analysis pipeline [NTHU, CGU]
Identification and evolutionary analysis of novel exons and alternative splicing events [Sinica, NHRI]
A Web interface for visualizing ESTs [Sinica, NHRI]
Web-based gene prediction service [NTHU]
Predict phosphorylation sites within given protein sequences [NCTU]
Multiple Sequence Alignment with Constraints [NCTU]
Primer Design Assistant [NHRI]
A Comparative Method for Identification of Gene Structures and Alternatively Spliced Variants [Sinica, NHRI]
An information repository for mRNA alternative splicing in human genome [NCTU]
Identify conserved sequence elements associated to mRNA splicing [NCTU]
Unique Probe Selector [Sinica, NHRI]
Monitoring of human influenza variants
Identification of cytotoxic T lymphocyte epitopes for swine viruses
 

 - Comparative Genomics

Web tool for Mammalian Phenotype Enrichment Analysis [NHRI]
Drosophila phenotype enrichment analysis for insect functional genomics [NHRI]
   

 - Phylogenetic Analysis

Phylogenetic reconstruction by Automatic Likelihood Model selector [Sinica, NHRI]
Phylogenetic Web Repeater [NHRI]
   

 - Topology Prediction

Prediction of protein subcellular localization [NCTU]
pKNOT: the protein KNOT web server [NCTU]
   

 - Structural Analysis

Protein Structure Prediction Server [NCTU]
Protein structure search [NCTU]
Circular Permutation Search Aided by Ramachandran Sequential Transformation [NTHU]
Generic Evolutionary Method for molecular DOCKing [NCTU]
Integrated Service of Structure Similarity Search Aided by Ramachandran Sequential Transformation [NTHU]
Structure Alignment by Ramachandran Search Tool [NTHU]
Sequence Derived Structure Entropy [NCTU]
Structural Entropy Query [NCTU]
Melting Temperature Prediction : Predict thermal stability of proteins [NTHU]
 

 - Miscellaneous Tools

Annotated feature extractor from Genbank [Sinica, NHRI]
A Java plugin for Cytoscape [Sinica, NHRI]
European Molecular Biology Open Software Suite [NHRI]
EMBOSS Graphical User Interface: EMBOSS explorer [NHRI]
Wisconsin Sequence Analysis Package [NHRI]
Hub OBjects Analyser, a web-based service designed to explore the essential nodes in a network [Sinica, NHRI]
Java user interface of EMBOSS [NHRI]
KEGG Pathway Search Tool [NTHU]
Reniforced Merging Algorithms [NTHU]
Web-based GCG [NHRI]