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Taiwan Bioinformatics Institute

 

生物資訊工作坊:多體學視覺化分析平台 UCSC Xena

 

主辦單位:

國立清華大學生物資訊與結構生物研究所
國立成功大學分子醫學研究所
國家衛生研究院
科技部生技醫藥生物資訊核心設施

簡介:

特別邀請美國UCSC Genome Center 團隊講授UCSC Xena(http://xena.ucsc.edu/),這是一個網絡介面的多體學視覺化探索工具,用於癌症多體學數據和相關臨床及表型註解資料分析。

Course Description

UCSC Xena (http://xena.ucsc.edu/) is a web-based visual integration and exploration tool for multi-omic data and associated clinical and phenotypic annotations. Xena showcases seminal cancer genomics datasets from TCGA, the Pan-Cancer Atlas, PCAWG, GDC, GTEx, ICGC, and more; a total of more than 1500 datasets across 50 cancer types. We support virtually every type of functional genomics data including positional mutation data, copy number variation, gene and exon expression, DNA methylation, and protein expression, as well as phenotype and clinical data such as age and subtype.

Instructor Biography

Mary Goldman has been working in genomics for eight years, both for the UCSC Genome Browser and the UCSC cancer research group. She currently works as the Design and Outreach Engineer for UCSC Xena, engaging with researchers of all skill levels through workshops, presentations, papers, posters, social media and more. She also leads our user design efforts, including user testing, prototyping, and feedback collection.

 

場次:

2019年12月5日(四)

地點:國立清華大學資工系資電館R132電腦教室

上課人數: 59人

報名費:學生:1,500元/人 非學生:2,000元/人

議程:

Time

Activity

08:30 ~ 09:00

Registration

Session 1: Overview Lecture

09:00 ~ 10:00

Overview of Xena
● Visualizations
● Analyses
● Data, data, data
Demo of Xena functionality

Session 2: Computer Hands-on Workshop

10:10 ~ 11:40

Hands-on workshop: Basic Xena Usage
● Visualizing common datasets
● Filtering by phenotype/clinical data
● Making and comparing subgroups
● Running a survival analysis

12:40 ~ 14:10

Hands-on workshop: Advanced Xena Usage
● Visualizing rarer datasets
● Genomic Signatures
● Loading your own data
● Other advanced features

14:10 ~ 15:10

Q & A and one-on-one consultation/troubleshooting

報名方式:

  1. 線上報名:請至活動報名網頁報名,即日起至2019年11月20日或額滿為止。
  2. 全程英文授課,報名者需經主辦單位資格審核通過後再進行繳費,優先錄取對象以教師及研究學者為主。
  3. 資格審核通過者會收到繳費通知與回條,請於11月21日前完成繳費,方視為報名成功

 

繳費方式:

  1. 匯款轉帳
    資格審核通過者會收到繳費通知與回條,請在2019年11月21日前轉帳匯款至
    台新銀行-建北分行(銀行代號:812)
    帳號:004-10-070557-7-00
    戶名:財團法人國家衛生研究院
    轉帳完成後,當天請傳真或e-mail繳款證明予承辦人員確認,並回覆回條內容。

  2. 若未能於期限前繳費完成者,請事前通知,如逾期未繳視同未報名完成。

 

注意事項

  1. 報名成功者會 E-mail通知上課說明,敬請於2019年11月21日前繳費完畢;若未能於期限前繳費完成,請事前通知。敬請務必提供正確的E-mail以便寄發報到通知,未收到者請您來電詢問,謝謝!
  2. 繳費完成者如不克參加,恕不退費;發票開立若需抬頭統編請事先告知,並請妥善留存備查,恕不更改或補發。
  3. 請於上課前10分鐘間完成報到。
  4. 電腦教室不能攜帶飲料進出 (包含食物及開水、飲料)。
  5. 本課程恕不提供停車服務。
  6. 全程參與者核發證書。

 

洽詢方式:

國家衛生研究院 生醫資源中心 齊小姐
電話:(037) 206166 轉 33602
傳真:(037) 586410
E-mail:susanchi@nhri.org.tw