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Taiwan Bioinformatics Institute

 

全民防疫,學習不間斷

 

科技部生技醫藥生物資訊核心設施每年開辦超過10場的生物資訊電腦實作課程,廣受好評。因應全民防疫,短期將不開辦教育訓練。為持續提供更多生醫領域研究人員學習生物資訊分析技術,我們將推出一系列較好叫座的線上課程教學影片,滿足您不必出外即可提昇專業能力的需求!

首先為您推出的是UCSC Xena線上課程,UCSC Xena是一個網絡介面的視覺化探索工具,用於癌症多體學數據和相關臨床及表型註解資料分析。本核心計畫於2019年12月特別邀請美國UCSC Genome Center 團隊來台進行UCSC Xena(http://xena.ucsc.edu/)實機授課(課程收費2000元),課程深獲好評!課後收到反應郵件,因日期無法配合或其他因素,希望有機會能參與課程。由於受疫情的影響,實體課程短期內將無法開辦。為了滿足大家的需求,特別剪輯2019年12月的課程,提供線上教學實作,線上課程無須受時間、地點的限制,更能在課程期限內重複觀看課程,讓您的學習更有效率!
心動不如馬上行動!請即刻填寫申請單,我們將為您開通帳號,讓您在家防疫,學習不間斷!

 

精采課程預告

 

課程資訊

線上課程名稱: UCSC Xena
線上影片長度: ~150分鐘 (練習實作時間不計)
線上課程費用: 600元
線上課程期限: 帳號開通起30天
只要您的電腦可上網,UCSC Xena就可操作與分析,課程講義及練習檔將於帳號開通後提供。

Course Description

UCSC Xena (http://xena.ucsc.edu/) is a web-based visual integration and exploration tool for multi-omic data and associated clinical and phenotypic annotations. Xena showcases seminal cancer genomics datasets from TCGA, the Pan-Cancer Atlas, PCAWG, GDC, GTEx, ICGC, and more; a total of more than 1500 datasets across 50 cancer types. We support virtually every type of functional genomics data including positional mutation data, copy number variation, gene and exon expression, DNA methylation, and protein expression, as well as phenotype and clinical data such as age and subtype.

Instructor Biography

Mary Goldman has been working in genomics for eight years, both for the UCSC Genome Browser and the UCSC cancer research group. She currently works as the Design and Outreach Engineer for UCSC Xena, engaging with researchers of all skill levels through workshops, presentations, papers, posters, social media and more. She also leads our user design efforts, including user testing, prototyping, and feedback collection.

 

Session 1: Overview Lecture

Overview of Xena
● Visualizations
● Analyses
● Data, data, data
Demo of Xena functionality

Session 2: Computer Hands-on Workshop

Hands-on workshop: Basic Xena Usage
● Visualizing common datasets
● Filtering by phenotype/clinical data
● Making and comparing subgroups
● Running a survival analysis

Hands-on workshop: Advanced Xena Usage
● Visualizing rarer datasets
● Genomic Signatures
● Loading your own data
● Other advanced features

 

報名方式:

  1. 完整填寫申請單並簽名,掃描文件e-mail給承辦人員。
  2. 申請資料完整者會收到繳費通知與回條信函。
  3. 請於轉帳完成當天回覆回條內容,我們將盡快確認報名成功。
  4. 報名成功者,將以Email方式寄發觀看方法及其帳號密碼,未收到者請您來電詢問,謝謝!

繳費方式:

  1. 匯款轉帳
    申請資料完整者會收到繳費通知與回條,請轉帳匯款至
    台新銀行-建北分行(銀行代號:812)
    帳號:004-10-070557-7-00
    戶名:財團法人國家衛生研究院
    轉帳完成後,當天請回覆回條內容。

注意事項:

  1. 線上觀看期限為帳號開通後30天內。
  2. UCSC Xena線上課程含線上課程影片、講義電子檔、Demo data,並提供Xena安裝諮詢。

洽詢方式:

國家衛生研究院 生醫資源中心 齊小姐
電話:(037) 206166 轉 33602
傳真:(037) 586410
E-mail:susanchi@nhri.edu.tw