E2
Taiwan Bioinformatics Institute

基因體醫學及生技研發之生物資訊核心設施

Phylogenetic Analysis Workshop
親 緣 演 化 分 析 研 習 會

 

主辦單位:

國家衛生研究院
基因體醫學國家型科技計畫

簡介:

「親緣演化分析」係利用序列分析以鑑別物種起源,推測基因及基因體演化歷史的方法,近年來更廣泛應用於病毒流行病學,如愛滋病毒、肝炎病毒及流感病毒方面的研究。為普及親緣演化分析工具之使用,「基因體醫學及生技研發之生物資訊核心設施」特開設親緣演化分析研習課程,除介紹親緣演化分析的基本理論、建構演化樹之方法,以及不同之樹型圖所代表的意義外,並配合常用之親緣演化分析工具:如Phylip, Treeview, Tree Puzzle, Mega, SimPlot, Split tree, POWER, Palm 等軟體的實際操作,俾使學員對演化分析能有更進一步的了解,並合適的應用於個人之學術研究之中。

課程內容:

時間:98年 11月 19-20日 (星期四、星期五)

地點:台灣師範大學進修推廣學院 B1 電腦教室
   台北市大安區和平東路一段 129 號 [交通路線圖] 

上課人數: 50 人

報名費:免費

講 員 :劉信孚 博士,馬偕紀念醫院 醫學研究部 副研究員

     林仲彥 博士,中央研究院 資訊科學研究所 助研究員

議程:

時   間 課 程 內 容
11月19日 (星期四)
09:30 - 10:30
劉信孚 博士

Introduction to Molecular Evolution and Phylogenetic Analysis

10:30 - 12:00
劉信孚 博士

Phylogenetic Analysis Methods
Nucleotide substitution models
Distance matrix methods

Lunch break
13:30 - 15:30
劉信孚 博士

Computer Lab
Phylip home page, BioEdit, Mega, clustalX, Genedoc
Phylogenetic analysis programs (PHYLIP): distance matrix methods

15:30 - 17:00
劉信孚 博士

Phylogenetic Analysis Methods
Discrete character methods (Maximum parsimony)
Computer Lab
PHYLIP: Maximum parsimony

11月20日 (星期五)
09:30 - 10:30
劉信孚 博士

Phylogenetic Analysis Methods
Maximum likelihood method

Statistical Test for Phylogenetic Trees
Bootstrap analysis

Computer Lab
PHYLIP: ML, Seqboot

10:30 - 12:00
劉信孚 博士

The Other Phylogenetic Analysis Methods
Quartet puzzling method: Likelihood mapping analysis
Bayesian analyses
Split decomposition method

Lunch break
13:30 - 15:30
劉信孚 博士

Detecting Recombination in Viral Sequences
Similarity plot, bootscan plot

Computer Lab
Simplot, modeltest, MrBayes, Splits tree

Examples of Applications Using Phylogenetic Analysis

15:30-17:00
林仲彥 博士

POWER (Phylogenetic Web Repeater)
Power: Graphical interface of PHYLIP programs
http://power.nhri.org.tw/

Palm (Phylogenetic Reconstruction by Automatic Likelihood Model Selector)
Palm providing biologists for automatically computing, comparing and selecting the best model among various DNA and Protein models of molecular biological evolution that best fits the given biological sequences.
http://palm.iis.sinica.edu.tw/

 

報名方式及注意事項:

    1. 一律線上報名,報名網頁請見 http://registry.nhri.org.tw/apply_form.asp
      98 年 11月 12 日 或報名額滿即截止。
      由於座位有限,如報名人數過多,本院保留篩選學員之權利
    2. 上課名單將於課程開始前三天公布於本網頁,同時以 E-mail 通知錄取學員,
      敬請務必提供正確的 E-mail ,謝謝!
    3. 本課程於上午 9:30 開始 , 請於早上 9:00- 9:30 間完成報到,以免影響上課秩序。
    4. 本課程恕不供應午餐。
    5. 本課程恕不提供停車服務。

洽詢方式:

國家衛生研究院 生醫資源中心 
電話:(037) 246166 轉 33621
傳真:(037) 586410
E-mail:service@tbi.org.tw
地址:350 苗栗縣竹南鎮科研路 35號