E2
Taiwan Bioinformatics Institute

基因體醫學生技研發生物資訊核心

GMBD Core Services 教育訓練課程

 

主辦單位:

國家衛生研究院
國立清華大學 生物資訊中心
國立交通大學 生物資訊中心
國立成功大學 生物資訊中心
基因體醫學國家型科技計畫

簡介:

基因體醫學生技研發生物資訊核心 (GMBD Bioinformatics Core) 是台灣生物資訊組織(Taiwan Bioinformatics Institute,簡稱TBI) 所設置的核心設施,目標在於結合生物資訊社群的力量,提供快速便捷且完善的生物資訊服務,健全台灣的生物資訊基礎建設。目前核心設施由基因體醫學國家型計畫資助,成員包括:國家衛生研究院-協調中心、統計遺傳、比較基因體學及交互蛋白質體;國立清華大學-計算蛋白質體;國立交通大學-結構生物資訊學;國立成功大學-應用基因體醫學。核心設施把所有成員提供的服務分類整理,透過單一的網站,讓研究人員可以使用這四個機構的所有生物資訊服務。

GMBD Bioinformatics Core 入口網站,包含 20幾種各式生物資訊分析工具及加值資料庫,為了讓南部地區生命科學之研究者熟悉並運用這些分析工具,特於「成功大學醫學院圖書館電腦教室」舉辦 GMBD Core Services推廣教育課程,課程內容包括 Computational Proteomics 、Structural Bioinformatics、Applied Medical Genomics、Comparative Genomics and Interactomes 等四個領域的資料庫、分析工具原理介紹及實際操作,希望藉此讓使用者了解各項分析工具的功能和應用,有助於生物資訊研究工作的推展。

課程內容:

時間:95年 10月26日,95年 10月27日 (週四、週五) 共二場

地點:成功大學醫學院圖書館電腦教室 [地圖]
台南市北區勝利路138號

上課人數:分為 26日、27日兩天,每天各 70人

報名費:免費

PDA, HP-DPI 課程投影片POWER 課程投影片

議程:

第一場 95年 10月26日 星期四
   
8:30-9:00 報 到
   
9:00-9:30 Introduction
主持人:孫孝芳 教授

Overview: The GMBD Bioinformatics Core
呂平江 教授
   

主題一:Computational Proteomics

主持人: 呂平江 教授
國立清華大學 生命科學系/生物資訊與結構生物研究所

   
09:30-10:20 Genome Profile DataBase (GPDB)原理與實作
主講人: 呂平江 教授
國立清華大學 生命科學系/生物資訊與結構生物研究所
  簡介:GPDB has been developed to provide and compare features of the fully sequenced organisms in a graphic and easy-reading way. We focus on these prokaryotes including bacteria and archaea. In this post-genome era, we try to grab the information derived from both nucleotide and protein sequence in a genome-wide scale. We provide some "Genome Profile", develop on-line graphic browsing interface and use hierarchical clustering method to compare and view the difference between these organisms.
   
10:30-11:20 KPST: KEGG pathway search tool之應用與實作
主講人: 呂平江 教授
國立清華大學 生命科學研究所
  簡介:Introduction to KEGG pathway and KEGG pathway search tool in NTHU (KPST)
   
11:30-12:20 (Tm) Database
主講人: 呂平江 教授
國立清華大學 生命科學研究所
  簡介:Introduction to melting temperature (Tm) database in NTHU and melting temperature prediction.
   
12:30-13:30 休息
   
主題二:Structural Bioinformatics

主持人: 黃鎮剛 教授
國立交通大學 生物資訊研究

 

   
13:30-14:30 CELLO-- 蛋白質subcellular location預測
主講人:游景盛 先生
國立交通大學 生物資訊研究所
  簡介:蛋白質在生命體中的位置(subcellular location)與其生理功能有著密切的關係,如果知道某蛋白質的subcellular location,就能幫助分析該蛋白質的功能。利用支持向量機(SVM: Support Vector Machines),使用各種不同多樣特性的 n-peptide 組成份,並針對已知的幾個標準資料群作測試。這個方法可以延伸到其他的生物體,而且對於大規模high-throughput的蛋白質體和基因體資料分析相當有幫助。
   
14:40-15:40 SDSE-- 蛋白質序列的二級結構亂度分析
主講人:梁涵堃 先生
國立交通大學 生物資訊研究所
  簡介:蛋白質熱穩定性分析過去多是單一性質的研究, 如高溫酵素中常見到較多離子鍵, 但熱穩定是多生物特性集合的結果, 真實的實驗難以用特定的生物特性加以預測. 二級結構亂度與熱穩定的高度相關特性可能可運用於突變改造酵素時整合的預測依據。
蛋白質序列二級結構亂度 (SDSE)是以非同源的SCOP-35結構資訊, 依 DSSP的8類二級結構定義統計4個residue序列片段中所有可能序列每一位置的8類機率profile, 之後再以亂度公式換算出的值, 以任何蛋白質序列資料皆可推算出來。SDSE 網站之中提供了簡便的方式可以得到蛋白序列的二級結構亂度, 可以提供對蛋白質穩定性有興趣的研究人員參考
   
16:00-17:00 (PS)2 Server-- 利用同源模擬 (homology modeling) 預測蛋白質結構
主講人:陳志杰 先生
國立交通大學 生物資訊研究所
  簡介:(PS)2 是利用同源模擬 (homology modeling) 來預測蛋白質結構的工具,它可自動化的預測蛋白質三級結構。本課程將介紹同源模擬四個重要的步驟︰(1)資料庫搜尋及選擇模版(templates selection);(2) 多重序列排列(multiple sequence alignment);(3)結構模擬(model building);(4)結構合理性評估(model evaluation)。並配合(PS)2的實際操作,讓學員對蛋白質三級結構的預測有基本的了解。
   
   
第二場 95年 10月27日 星期五
   
8:30-9:00 報到
   
9:00-9:30 Array CGH Data Analysis
張憶壽 教授
   
主題一:Applied Medical Genomics

主持人: 孫孝芳 副教授
國立成功大學 分子醫學研究

   
09:30-10:20 SNP value-added database
主講人: 孫孝芳 副教授
國立成功大學 分子醫學研究所
  簡介:SNP 是最常見的基因變異,在遺傳學及遺傳疾病的研究上扮演重要的角色。此加值型的資料庫內容包括兩個主要的SNP資料庫(dbSNP及HGVbase) 的資料外,也加上專屬華人族群的SNP資料庫,將這三者結合,形成了一個整合性的SNP資料庫。因此在使用時可將資料作一整體性、跨種族的呈現。
   
10:30-11:20 RepeatMasker server
主講人: 孫孝芳 副教授
國立成功大學 分子醫學研究所
  簡介:RepeatMasker可將欲查詢的DNA序列中低複雜度的重覆性片段做篩選,如LINE、SINE、或是微衛星標竿等。並可將篩選出來的結果予以標記及加註解。使用者可以再將其輸出的結果帶到 BLAST 做更進一步的搜尋比對,因此可增加序列搜尋的正確性
   
11:30-12:20 TAG: Tumor Associated Gene 加值型資料庫
主講人:孫孝芳 副教授
國立成功大學 分子醫學研究所
  簡介:致癌基因 / 抑癌基因 的變異跟癌症的形成有著密切的關係,增加對此兩種基因的分子遺傳特性瞭解,可以讓我們更加認識癌症的成因。TAG加值型資料庫收集了已知與癌症相關的基因及其蛋白質的資訊,並提供方便的查詢、分析及資料收集整合介面,讓使用者可以透過整合性的觀點來研究跟癌症相關的基因。
   
12:20-13:30 休息
   

主題二:Comparative Genomics and Interactomes

主持人: 熊昭 教授
國家衛生研究院 生物統計與生物資訊研究組

   
13:30-14:20 PDA (Primer Design Assistant) 核酸引子設計工具的應用及程式操作
主講人:林仲彥 博士
國家衛生研究院 生物統計與生物資訊研究組/中央研究院 資訊科學研究所
  簡介:有鑑於一般常用的PCR核酸引子設計程式所套用的模型往往過於簡化,而無法找到最合適的引子配對,本系統以熱力學原理為基礎,設計考量因子涵蓋了大部份已知會影響PCR 實驗的可能原因,以及為了因應High throughput 大規模實驗,PDA容許一次單筆或多筆核酸序列資料同時進行線上最佳化分析,均一化所需批次進行的PCR 反應條件,有效地提高實驗的效能比與成功率。
   
14:30-15:20 hp-DPI ( H. pylori Database of Protein Interactomes) 蛋白質體交互作用脈絡網資料庫及使用介面操作
主講人:林仲彥 博士
國家衛生研究院 生物統計與生物資訊研究組/中央研究院 資訊科學研究所
  簡介:透過hp-DPI之視覺整合與預測系統平台,協助使用者以人性化的圖像網路介面,探究H.pylori中的蛋白質交互作用。其中整合的註解資料來源包括Genbank、GO、KEGG,並以實驗數據為基礎,透過關連式分析進行功能預測,特別是應用在藥物試驗的驗證和大規模篩檢,更能有效縮小目標蛋白質的搜尋範圍。
   
15:30-16:30 POWER (Phylogenetic WEb Repeater) 親緣演化分析樹及程式操作
主講人:林介華 女士
國家衛生研究院生物統計與生物資訊研究組
  簡介:本系統為整合性自動化可反覆執行之序列親緣關係分析工具,結合 ClustalW 和 Phylip,簡化繁瑣的序列格式處理過程及流暢地銜接多種操作程序,並以導引式互動介面協助使用者完成分析;另外也保留了各分析階段中參數微調的功能,並自動記錄操作過程的參數設定,以便使用者回溯其工作流程,再行調整。另外,針對樹形圖的輸出方式,與樹形分支排列調整等功能設計程式,以符合客製化 (customize) 的理想。
   

 

報名方式及注意事項:

    1. 一律線上報名,報名網頁請見 http://registry.nhri.org.tw/apply_form.asp
      95 年 10 月 19日 或報名額滿即截止。由於座位有限,如報名人數過多,主辦單位保留篩選學員之權利。
    2. 上課名單將於課程開始前三天公布於本網頁,同時以 E-mail 通知錄取學員,敬請務必提供正確的 E-mail 信箱,謝謝!
    3. 本課程恕不供應午餐。

洽詢方式:

國家衛生研究院 生醫資源中心 

電話:(037) 246166 轉 33621

傳真:(037) 586410

E-mail:service@tbi.org.tw

地址:350苗栗縣竹南鎮科研路35號