|
單細胞體學計算分析工作坊
Workshop on Computational Analysis for Single-Cell Omics
 簡介：
近年來，單細胞 RNA 定序（single-cell RNA sequencing）、單細胞多體學（single-cell multi-omics）及空間轉錄體學（spatial transcriptomics）等高通量體學技術快速發展，使研究人員得以在單細胞層次解析細胞異質性、組織微環境及疾病發生機制，已廣泛應用於癌症研究、免疫學、神經科學及精準醫療等領域。隨著資料量快速增加及分析流程日趨複雜，建立可重現且具效率的生物資訊分析能力，已成為現代生命科學研究的重要基礎。
本工作坊特別邀請美國Duke University School of Medicine生物統計與生物資訊學教授暨生物資訊與研究運算主任 Prof. Steven G. Rozen 全程授課，透過三天密集課程，系統性介紹單細胞體學資料分析的核心概念與實務方法。課程內容涵蓋 R 程式設計、生物資訊分析環境建置、資料視覺化、可重現研究流程，以及單細胞 RNA 定序、CITE-seq、單細胞 ATAC-seq、細胞發育軌跡分析與空間轉錄體等最新分析技術，並以公開資料集進行實作，協助學員建立完整的單細胞體學分析能力。課程適合生物資訊、生命科學及醫學相關領域之研究人員、研究生及臨床研究者參與。
Speaker：
Prof. Steven G. Rozen
Director of Bioinformatics and Research Computing
Professor of Biostatistics & Bioinformatics
Duke University School of Medicine
Day 1
Monday, August 3, 9 AM to noon
A gentle bioinformatics on-ramp: R, python, bash, IDEs, AI coding agents
Topics:
What are R, bash, python?
IDEs: RStudio and others (VS Code / Positron, others)
Read-eval-print loops (REPLs)
Find the same file via the file explorer, the IDE, and bash, R, and python commands
Do an example analysis: read data, analyze it, visualize the analysis, save the analysis
Scripts and functions
Version control systems and repositories (git/GitHub/GitLab)
Practical ideas on using command-line coding agents (for example, Claude Code,
OpenAI Codex)
What to do when things go wrong
Monday, August 3, 1 PM to 4 PM
Communicating bioinformatics: R graphics for publication (ggplot2) and quarto markdown
Topics:
ggplot2 principles and examples
Multi-plot layout (patchwork)
Using Quarto to document and explain analysis and make it reproducible
Adding interactive elements to Quarto documents / dashboards
Day 2
Tuesday, August 4, 9 AM to noon
Introduction to single-cell RNA-seq analysis in R
We will start with a brief overview of technologies for single-cell (or single-nucleus) RNA
seq and of the range of scientific questions that can be addressed with these
technologies. We will use R and the R Seurat analysis packages to analyze a single-
sample single-cell RNA-seq experiment.
Tuesday, August 4, 1 PM to 4 PM
Single-cell multi-omics in R
We will start with a brief overview of technologies for single-cell RNA-seq, CITE-seq
(simultaneously generated RNA-seq with barcoded cell-surface antibodies) and single-
cell ATAC-seq. We will go through several approaches to analyzing CITE-seq data and to
analyzing combined RNA-seq and ATAC-seq data.
Day 3
Wednesday, August 5, 9 AM to noon
Single-cell trajectories, differential expression, and cell-type composition
Topics:
Trajectories / cell lineages (slingshot, monocle3), pseudobulking to compare mRNA
abundance in one cell cluster (cell type) between conditions, detecting changes in cluster
(cell-type) abundance
Wednesday, August 5, 1 PM to 4 PM
Spatial single-cell analysis
Overview of technologies. Questions that can be addressed. Spatially variable genes, cell
boundary estimation, analysis differences between subcellular-resolution data versus
supercellular-resolution data (where each mRNA measurement may span multiple cells)
Background needed: All the workshops except the Monday morning workshop assume basic knowledge of R and RStudio (or VS Code / Positron).
You have the option of using already-installed R and RStudio on a University computer, or using your own laptop.
If you decide to use your own laptop, before the workshop, you need to have installed the following:
Additional packages and data sets will be added as we test workshop examples prior to the course, so please check back a week before the workshop.
課程資訊：
時間：2026年8月3日(星期一) ~ 2026年8月5日(星期三)
地點：長庚大學 管理大樓4F 資工系電腦教室一
報名費用：6,000 元/每人/三日課程 (本次為連續三日全英文課程，課程具有前後連貫性)
上課人數：25人
報名方式：
線上報名：請至活動報名網頁報名，即日起至2026年7月28日或額滿為止。
線上報名後，請在5日內繳費完畢且在2026年7月28日前完成，完成繳費方視為報名成功。
繳費方式：
- 匯款轉帳
於線上報名後會收到繳費通知與回條說明，請在5日內且在2026年7月28日前轉帳/匯款至
台新銀行-建北分行（銀行代號：812）
帳號：００４－１０－０７０５５７－７－００
戶名：財團法人國家衛生研究院
轉帳完成後，當天請回覆回條內容。
- 若未能於期限前繳費完成者，請事前通知，如逾期未繳視同未報名完成，自動失去報名名額，如有需要請與課程承辦人聯絡。
注意事項：
- 報名成功者會 E-mail通知上課說明，敬請於報名後5日內且2026年7月28日前繳費完畢；若未能於期限前繳費完成，請事前通知。敬請務必提供正確的E-mail以便寄發報到通知，未收到者請您來電詢問，謝謝！
- 繳費完成者如不克參加，恕不退費；發票開立若需抬頭統編請於回條告知，並請妥善留存備查。
- 電腦教室不能攜帶飲料進出 (包含食物、飲料)。
- 本課程提供午餐
- 全程參與發給上課時數證明。
- 如遇額滿情況，可寄信給承辦人預約後補。
洽詢方式：
國家衛生研究院 生醫資源中心 齊小姐
電話：(037) 206166 轉 33602
傳真：(037) 586410
E-mail：susanchi@nhri.edu.tw
|