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Open Reading Frames Prediction
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| JEMBOSS 提供 plotorf 及 getorf 程式來協助使用者預測核酸序列上正確的 ORF 位置。 | ||
| 一、Plotorf 使用方法： | ||
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GoTo : plotorf | |
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輸入序列，共有以下三種方式： | |
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在 sequence filename 的欄位中輸入資料庫及序列名稱 (或序列的 accession number)，可直接由資料庫中叫出序列 (如 embl:eclac)。 | |
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利用 copy/paste 的方式將序列貼在剪貼板裡。 | |
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若是已儲存於個人電腦中的序列檔案，則可利用拖曳的方式，由右方的 file manager 中拉到 sequence filename 的欄位內。 | |
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點選Advanced Options,可自行輸入序列的起始及終止之amino acid 編碼，若非特殊的生物，應不需做更改。若僅以程式的預設值來進行分析，直接按下 GO 圖示便能得到結果。 | |
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存檔:輸出結果可以儲存於個人電腦內，但記得先選擇儲存類型為所有檔案，再將儲存的檔案類型 設為 png 圖形檔。儲存完畢的圖形結果可以再利用 photoshop 或 photoimpact 等軟體對結果的圖形再進行修改。 | |
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分析結果： | |
| Plotorf 以圖形結果來顯示核酸序列的 orf 位置，用圖形的方式雖然很容易找到最長的 ORF， 可是要讀出精確的起始與結束位置卻很困難。例如 ECLAC gene 的分析結果圖形顯示，在第 三個 frame (F3) 之約略為 1300- 4300 bp 位置可能具有一個 ORF，但真正在第幾個鹼基的位置 我們卻極難得知。因此使用者還可以再利用 getorf 程式，將最有可能的 ORF 區域以文字方 式呈現，兩者相互搭配，便能夠容易地將 ORF 位置判別出來。 | ||
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| 二、Getorf 使用方法： | ||
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GoTo ：getorf | |
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點選Advanced Options (建議多加利用): | |
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由下拉式選單選擇合適的 codon table | |
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minimum nucleotide size of ORF to report,預設值為 30,建議使用者可輸入 150 以上， 如此將只顯示出大於 50 個胺基酸序列的 ORF 區段，可以縮小分析範圍,節省時間。 | |
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設定type of output： | |
| 可選擇要以核酸序列之形式，或者是胺基酸序列之形式輸出結果。另一方面，還可以選擇 ORF 的範圍要介於起始密碼與終止密碼之間 ("between START and STOP codons")；或是介於前後兩組終止密碼之間 ("between STOP codons")，兩者找到的結果會略有不同。 | ||
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近一步設定下列選項： |
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將起始密碼改變為 Met | |
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是否為圓形序列 | |
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由序列反向尋找 ORF 區域 | |
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flanking sequence 之設定長度為何 | |
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實例 ： | |
| 以 ECLAC (E.coli lactose operon with lacI, lacZ, lacY and lacA genes) 利用 getorf 程式分析預測 ORF 的結果。Advanced Options 之選項中選擇 Bacterial codon table；minimum nucleotide size of ORF to report 輸入 300；type of output 選擇 between START and STOP codons，其餘選項不作變動。 | ||
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分析結果： | |
| 由序列的 6 個 frames 之中分析完成後，總共顯示了 14 筆結果符合上述設定的條件，但其中有一筆結果的序列長度最長 (第 3 筆結果)，且起始與終止位置分別在 1284 到 4355 bp 的位置，由此可知 plotorf 可以藉由 getorf 的文字敘述結果來得知 ORF 的準確位置；而 getorf 同樣也可以藉由 plotorf 來得知最長的 ORF 位於哪一個 frames 上面，兩者相輔相成。 | ||
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