E2
Taiwan Bioinformatics Institute

 

線上課程:基因表現數據分析軟體教育訓練

 

主辦單位: 國家衛生研究院
國立成功大學分子醫學研究所
科技部生技醫藥生物資訊核心設施
協辦單位: 均泰生物科技股份有限公司

簡介:

Partek Flow是一套用於NGS高通量大數據分析的商用軟體,架構在強大的運算主機上提供服務,具有簡易圖形化操作介面,可輕鬆建立個人化分析流程(pipeline),輔助研究者快速解析資料呈現結果,更可利用軟體輕鬆繪製PCA, t-SNE, Heatmap, Volcano Plot等直觀圖呈現實驗結果,讓基因體學的研究者們無需藉由程式語言也能完成數據分析。

本次教育訓練將介紹基因表現數據分析的原理與應用,搭配商用軟體Demo sample實機操作,用簡明的方式引導學員使用Partek Flow軟體之RNA sequencing data analysis與Single Cell RNA expression data analysis,期望讓生物背景研究者自己也能操作軟體完成統計分析與圖表,不再望資料而興嘆,歡迎有興趣的研究學者踴躍參加。

各場次課程說明

RNA sequencing data analysis:次世代定序所產生龐大的資料量,在資料分析時常造成生物背景的研究者的困境。藉由商用分析軟體的協助,帶領各位學員實機操作學習RNA-Seq數據分析流程與其使用之方法,分析完成後再利用軟體輕鬆繪製PCA, Heatmap, Venn diagrams…等多種常用圖形。

Single Cell RNA expression data analysis:隨著科技與定序技術推進,許多應用上都有所突破,單細胞定序及數據分析開始扮演重要的角色。我們可藉由商用分析軟體的協助,透過Single Cell RNA expression分析可了解多樣品之特定基因在不同細胞中的RNA表現量,並觀察特定細胞群中基因表現量的差異,目前已成為NGS應用之主要趨勢。新增Clonotype Frequency Plot繪圖功能,只要匯入Annotation CSV files,即可在不同免疫組庫之間量化比較clone多樣性。

 

課程資訊:

時間:2022年11月22日(星期二) 09:10-16:00

地點:以Cisco Webex軟體進行線上電腦實作
            ※實作過程中如遇雲端伺服器流量限制,為不影響課程進度,將優先以講師Demo為主。

報名費用:1,500元 (包含全日線上實作課程及課後教學影片一個月觀看期)

上課人數:50人(如額滿請來信候補,釋出空缺後將依序通知)
※全程參與者將核發電子研習證書

 

議程:

RNA expression data analysis

時間

講員

題目

09:10 ~ 09:20

孫孝芳 教授

Opening

09:30 ~ 10:00

邱暄雅 專員

Partek Flow Introduction

10:00 ~ 12:00

邱暄雅 專員

Bulk RNA-seq analysis hands-on

 

Single Cell RNA expression data analysis

時間

講員

題目

13:30 ~ 16:00

邱暄雅 專員

Single cell RNA-seq analysis hands-on

  • 孫孝芳 國立成功大學分子醫學研究所 教授
  • 邱暄雅 均泰生物科技股份有限公司 生物資訊分析專員

報名方式:

  1. 線上報名:請至活動報名網頁報名,即日起至2022年11月17日或額滿為止。
  2. 線上報名後,請在5日內繳費完畢且在2022年11月17日前完成,完成繳費,方視為報名成功。

 

繳費方式:

  1. 匯款轉帳
    於線上報名後會收到繳費通知與回條說明,請在5日內且在2022年11月17日前轉帳/匯款至
    台新銀行-建北分行(銀行代號:812)
    帳號:004-10-070557-7-00
    戶名:財團法人國家衛生研究院
    轉帳完成後,當天請回覆回條內容。

  2. 若未能於期限前繳費完成者,請事前通知,如逾期未繳視同未報名完成,自動失去報名名額,如有需要請與課程承辦人聯絡。

 

注意事項:

  1. 本次課程內容著作權屬於作者,請遵守著作財產權法規,未經同意不得重製、利用或散佈。
  2. 報名成功者會 E-mail通知上課說明,敬請於2022年11月17日前繳費完畢;若未能於期限前繳費完成,請事前通知。敬請務必提供正確的E-mail以便寄發報到通知,未收到者請您來電詢問,謝謝!
  3. 敬請務必提供正確的E-mail以便寄發線上課程連線資訊,上課前2日未仍收到者請您來電詢問,謝謝!
  4. 繳費完成者如不克參加,恕不退費;發票開立若需抬頭統編請於回條告知,並請妥善留存備查。
  5. 建議您事前下載Webex視訊軟體,並建議使用電腦連線。
  6. 如遇額滿情況,可寄信給承辦人預約候補。

 

洽詢方式:

國家衛生研究院 生醫資源中心 齊小姐
電話:(037) 206166 轉 33602
傳真:(037) 586410
E-mail:susanchi@nhri.edu.tw