E2
Taiwan Bioinformatics Institute

 

大小分子結構生物資訊分析研習會

 

主辦單位:

國家衛生研究院
國立成功大學分子醫學研究所
國立清華大學生物資訊與結構生物研究所
國立中興大學電機系
科技部生技醫藥生物資訊核心設施

協辦單位:

國立成功大學基因體醫學中心

簡介:

為便利各地學者能就近參與生物資訊分析實務課程,此次研習會將於中部中興大學舉辦,期望此研習會能提供小分子結構與蛋白質結構之相關領域研究的人員及學生在實驗數據分析上之助益,歡迎對生物資訊分析有興趣的師生踴躍參加。

本研習會所有課程均搭配電腦實地操作,課程包括「小分子結構分析在新藥開發之應用」與「蛋白質結構生物資訊分析與應用」等兩大主題,以簡明的方式讓學員們快速熟悉各種相關軟體工具及研究平台的使用。課程簡介如下:

第一天課程主題:蛋白質結構生物資訊分析與應用
本課程內容包含基礎理論、實際應用到進階實機操作,課程內容包含「蛋白質結構視覺化軟體操作與結構準備、蛋白質結構生物資訊應用與實例介紹、蛋白質結構模擬與預測實作、分子對接簡介與實例應用、蛋白質-藥物分子對接與虛擬篩選實作、蛋白質與化學分子或蛋白質間分子作用力分析」。

藉由實際研究成果與經驗分享,以實例讓學員們快速了解結構生物資訊分析工具的功能及應用層面,進一步透過實機練習實作蛋白質結構模擬(modeling)與預測,同時搭配3D結構視覺化軟體(PyMOL)實地操作,熟悉蛋白質基礎結構特性;後續以藥物設計概念為基礎,實際演練分子對接(molecular docking)與虛擬藥物篩選。經由一整天完整課程規劃,提供學員系統性的概念與操作學習,強調讓大家”回去也能實作”,有助於學員探究各自的目標蛋白質結構相關功能特性與應用。

第二天課程主題:小分子結構分析在新藥開發之應用
利用結構生物學尋找分子及細胞標靶是目前在新藥開發領域廣泛被應用的分析技術平台。針對應用於蛋白質模擬、標靶藥物研究,結構藥物…等軟體工具的需求日益增加,法商Dassault Systèmes BIOVIA公司開發了專業性3D生物化學模擬研究軟體Discovery Studio(DS),功能涵蓋生物藥與小分子藥物設計領域,可用於抗體、胜肽、小分子化合物設計。

此次研習會課程內容以Discovery Studio(DS)為依據,內容包含基礎理論、實際應用到進階實機操作分析。使用者除了熟習軟體功能及應用層面外,更能透過實機練習進一步學會處理各種小分子之理論模擬計算、分子Structure/ligand-based的策略和操作,並以分子結構為基礎之交互作用性預測功能(包含Docking, FBDD等方法),2019課程新增拉升動力學模擬(Steered Molecular Dynamics, SMD),利用CHARMm力場計算Atomic Force Microscopy (AFM, 原子力顯微鏡)函數,可用於預測Ligand binding affinity、Unbinding/Unfolding pathway、Non-bonding interaction breaking gap等應用。除此之外,課程中也將介紹機器學習法的最新應用,講解Bayesian categorization、Recursive partitioning、Deep neural network等演算法應用於QSAR以及Synthetic chemistry帶來的效益與範例。 期望經此課程能對從事「蛋白質、化學分子、藥物設計」等相關領域之研究人員及學生,在實驗上之解釋或設計的幫助和方向。

 

場次:

2019年2月14日(四)~2月15日(五)

地點: 國立中興大學 電機大樓402PC教室(二)

上課人數: 60人

報名費:2019/2/14(四) 1,000元,2019/2/15(五) 1,000元。

議程: 2019年2月14日(四)
   主題: 蛋白質結構生物資訊分析與應用

時間

講員

題目

09:00 ~ 10:00

劉益忠 博士

Protein Structure Visualization and Preparation (PyMOL)
蛋白質結構視覺化與結構準備(使用PyMOL實作)

10:10 ~ 11:00

羅惟正 老師

Applied Structural Bioinformatics to Your Protein & Case Study
蛋白質結構生物資訊應用與實例介紹

11:10 ~ 12:00

羅惟正 老師

Sequence to Structure - Comparative protein structure modelling
蛋白質結構模擬與預測實作

13:00 ~ 13:30

劉益忠 博士

Introduction to Molecular Docking & Case Study
分子對接簡介與實例介紹

13:40 ~ 15:30

劉益忠 博士

Molecular Docking and Virtual Screening
蛋白質-藥物分子對接與虛擬篩選實作

15:40 ~ 17:00

劉益忠 博士

Protein-protein or Protein-ligand Interaction
蛋白質與化學分子或蛋白質間分子作用力分析

  • 羅惟正 - 國立交通大學生物科技系暨研究所 副教授
  • 劉益忠 - 國立清華大學生物資訊與結構生物研究所 博士後研究員

議程: 2019年2月15日(五)
   主題: 小分子結構分析在新藥開發之應用

時間

講員

題目

09:00 ~ 10:00

孫孝芳 老師

研究實例
小分子藥物篩選在抗癌新藥研發上的應用

10:00 ~ 12:00

陳冠文 經理

Introduction to Predictive Science
‧ Challenges of the Life Science Industry
‧ Small Molecules Solution
Hands-on實機操作教學

13:00 ~ 14:30

陳冠文 經理

Discovery Studio: Receptor-Ligand Interactions
小分子化合物接合模擬
Hands-on實機操作教學

14:40 ~ 15:30

陳冠文 經理

Predict Ligand Unbinding Using Steered Molecular Dynamics (SMD)
預測小分子化合物解離路徑
Hands-on操作教學 (實機演練)

15:40 ~ 17:00

陳冠文 經理

Find the Uniqueness: Small-Molecule Design
小分子化合物與資料庫設計
Hands-on實機操作教學

  • 孫孝芳 - 國立成功大學分子醫學研究所 教授兼所長
  • 陳冠文 - 創源生物科技股份有限公司 經理

報名方式:

  1. 線上報名:請至活動報名網頁報名,即日起至2019年1月31日或額滿為止。
  2. 線上報名後,請於1月31日前完成繳費,方視為報名成功

 

繳費方式:

  1. 匯款轉帳
    於線上報名後會收到繳費通知與回條,請在2019年1月31日前轉帳匯款至
    台新銀行-建北分行(銀行代號:812)
    帳號:004-10-070557-7-00
    戶名:財團法人國家衛生研究院
    轉帳完成後,當天請傳真或e-mail繳款證明予承辦人員確認,並回覆回條內容。

  2. 若未能於期限前繳費完成者,請事前通知,如逾期未繳視同未報名完成。

 

注意事項

  1. 報名成功者會 E-mail通知上課說明,敬請於2019年1月31日前繳費完畢;若未能於期限前繳費完成,請事前通知。敬請務必提供正確的E-mail以便寄發報到通知,未收到者請您來電詢問,謝謝!
  2. 繳費完成者如不克參加,恕不退費;發票開立若需抬頭統編請事先告知,並請妥善留存備查,恕不更改或補發。
  3. 請於上課前10分鐘間完成報到。
  4. 會議廳與電腦教室不能攜帶飲料進出 (包含食物及開水、飲料)。
  5. 本課程恕不提供停車服務。
  6. 全程參與者核發證書。

 

洽詢方式:

國家衛生研究院 生醫資源中心 齊小姐
電話:(037) 246166 轉 33602
傳真:(037) 586410
E-mail:susanchi@nhri.org.tw