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Taiwan Bioinformatics Institute

 

高通量資料分析研習會:以具臨床應用性之基因表現標記分析為例

 

主辦單位:

國家衛生研究院
生技醫藥生物資訊核心設施
科技部生技醫藥核心設施平台

協辦單位:

中央研究院資訊科學研究所

簡介:

本次研習會旨在研討如何利用高通量數據(high-throughput data)所提供之特殊機會,來提高生物醫學實驗之真實性(validity)與再現性(reproducibility),並促進各相關領域的合作。

基因表現反映了細胞的企圖,所以探究基因表現的圖譜(profile)往往能夠一窺究竟細胞於疾病發生或病程演進中所涉之分子層次的數量(quantitative)或質性(qualitative)的變化,除能幫助了解疾病之機轉外,亦提供吾人相關之疾病相關分子特徵(signature),後者更可供輔佐臨床診斷或預後之實行。能夠有效分析並利用以大規模臨床檢體之基因組表現研究計畫所產生之高通量基因表現數據,正是當代研究者據以進入精準醫學殿堂之基礎。本次研習將分享如何著重再現性、統計推論、以及生物路徑解釋的分析經驗與心得,並邀請已有相關臨床應用產品/潛力之業界分享NanoString平台相關資訊。茲簡述課程內容如下:

  1. 高通量數據資料的品質控制(quality control):利用數據本身提供的negative/positive control probe及其資料之高通量(high-throughput)特性對資料提供品質檢查,排除品質不好的樣本;
  2. 顯著性分析(statistical significance):利用高通量資料的特性來估計已知或未知的batch effect/confounding variable,並放入適合的統計模型減輕它的影響,用以增加統計方法的power,並降低false discovery rate;
  3. 生物路徑分析(biological pathway analysis):探討如何利用高通量資料,產出在生物路徑層次的分析,得到更好的生物學解釋與及其真實性。

我們期望經由本課程的講解與實作,能讓學員具體了解本核心設施對基因組表現數據的分析步驟。遵循本系列課程之宗旨,我們亦將再次講解如何利用GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)所提供之友善且免費的使用者界面,進一步產出高通量數據的生物路徑層次之註解,也希望學員能夠以所學到的原理與觀念應用至其他感興趣的高通量資料,提供更有力的證據來支持生物醫學研究。

 

場次:

時間:107 年 4月 16日 (星期一)

地點:講座 中央研究院 人文社會科學館 第一會議室
           實作 中央研究院 人文社會科學館 遠距會議室

上課人數:講座 110 人 ; 實作 35 人

報名費:講座 500 元; 實作 500 元

議程

時間

講員

題目

9:00-9:30

張憶壽 名譽研究員

高通量數據分析簡介:挑戰與機會
Introduction on high-throughput data analysis: challenges and opportunities

9:30-10:20

陳中興 博士

高通量數據分析之前處理
Preprocessing for High Throughput Data Analysis

10:30-11:20

江士昇 助研究員

適合癌症研究之公用基因表現資料庫簡介
Public Domain Gene Expression Data Repository for Cancer Research

11:20-12:00

吳彥萱 主任

NanoString 基因表現分析平台於臨床應用之實例

13:00-14:00

顏吟紋 副理
陳中興 博士

NanoString 數據分析實作

14:10-16:00

江士昇 助研究員
陳中興 博士
蔡芳榆 女士

GSEA分析實作
Pathway Analysis for Transcriptome Profiling Studies (Gene Expression Array and RNA-seq)

  • 張憶壽 國家衛生研究院 癌症研究所 名譽研究員
  • 江士昇 國家衛生研究院 癌症研究所 助研究員
  • 陳中興 國家衛生研究院 癌症研究所 博士後研究員
  • 蔡芳榆 國家衛生研究院 癌症研究所 研究助理
  • 顏吟紋 冷泉港生物科技股份有限公司 產品副理
  • 吳彥萱 冷泉港生物科技股份有限公司 產品主任

報名方式:

  1. 線上報名:請至活動報名網頁報名,即日起至107年4月10日或額滿為止。
  2. 線上報名後,請於107年4月10日前完成繳費,方視為報名成功

 

繳費方式:

  1. 匯款轉帳
    於線上報名後會收到繳費通知與回條,請在107年4月10日前轉帳匯款至
    台新銀行-建北分行(銀行代號:812)
    帳號:004-10-070557-7-00
    戶名:財團法人國家衛生研究院
    轉帳完成後,當天請傳真或e-mail繳款證明予承辦人員確認,並回覆回條內容。

  2. 若未能於期限前繳費完成者,請事前通知,如逾期未繳視同未報名完成。

 

注意事項

  1. 報名成功者會 E-mail通知上課說明,敬請於107年4月10日前繳費完畢;若未能於期限前繳費完成,請事前通知。敬請務必提供正確的E-mail以便寄發報到通知,未收到者請您來電詢問,謝謝!
  2. 繳費完成者如不克參加,恕不退費;發票開立若需抬頭統編請事先告知,並請妥善留存備查,恕不更改或補發。
  3. 請於上課前10分鐘間完成報到。
  4. 會議廳與電腦教室不能攜帶飲料進出 (包含食物及開水、飲料)。
  5. 本課程恕不提供停車服務。
  6. 上下午皆報名者敬備午餐,全程參與者核發證書。

 

洽詢方式:

國家衛生研究院 生醫資源中心 齊小姐
電話:(037) 246166 轉 33602
傳真:(037) 586410
E-mail:susanchi@nhri.org.tw

 

 
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