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Taiwan Bioinformatics Institute

 

基因體分析暨蛋白質結構生物資訊分析研習會【台南場、新竹場】

 

主辦單位:

國家衛生研究院
國立成功大學分子醫學研究所
國立清華大學生物資訊與結構生物研究所
科技部生技醫藥核心設施平台

協辦單位:

國立成功大學基因體醫學中心

簡介:

為便利各地學者能就近參與生物資訊分析實務課程,此次研習會將於台南成功大學與北部清華大學各舉辦一場,期望此研習會能提供基因體與蛋白質結構之相關領域研究的人員及學生在實驗數據分析上之助益,歡迎對生物資訊分析有興趣的師生踴躍參加。

本研習會以本核心所開發或建置的基因體分析與生物資訊網路工具為主,所有課程均搭配電腦實地操作,課程包括「基因體分析系列」與「蛋白質結構生物資訊分析與應用」等兩大主題,以簡明的方式讓學員們快速熟悉各種相關資料庫及研究平台的使用。課程簡介如下:

第一課程主題:基因體分析
1) GBRED (Gene-Based Repetitive Element Database) - 人類的基因體中有超過50%是由重複性序列所組成。我們由網路上的資料庫下載鄰近於所有人類基因序列,並利用RepeatMasker軟體進行交叉比對以辨認這些序列中是否含有重複性序列,進而建立全基因體基因重複性片段分析資料庫。GBRED全面性的分析人類基因體當中可能參與在調控基因表現的重複性序列分布的位置及其種類。我們發現不同種類的重複性序列散佈在基因周遭的趨勢不盡相同,且特定種類的重複性序列可能與特定的生物路徑有所相關。這點能幫助科學家們預測未知的基因功能,以及它們所參與的生物路徑(Liang et al., 2015, Computational Biology and Chemistry 57:29-38)。

2) TAG(Tumor Associated Gene)- 癌症(Tumor)為目前十大死因之一,TAG資料庫的建立主要目的是利用已知的致癌基因和抑癌基因的特徵資訊,透過電腦計算搜尋的策略,預測及分析參與細胞癌化過程相關的候選基因,以促進癌症的研究。TAG提供簡便的操作介面,幫助使用者搜尋TAG資料庫裡的資訊及分析蛋白質可能與癌化相關的資訊 (Chan et al., NAR 2007)。亦可利用建立之蛋白質功能性區域加權值量表,來辨認出新穎的癌症相關基因,進而幫助找出癌症研究的方向 (Chen et al., 2013, Bioinformatics 29(4):420-7; Chien et al., 2016, Oncogene 10;35(45):5872-5881)。本團隊於2013年Bioinformatics發表利用TAG資料庫進行的研究論文後,證實TAG資料庫的分析及預測正確性,加上近三年的課程推廣,引用次數也超過50篇。

NGS data submission to the SRA and Submitting your microbial genome sequence to the GenBank - 如何提交基因體序列到SRA / GenBank at NCBI是在基因體組裝完成後最常面臨的課題,數據該如何整理,格式該怎麼準備,若上傳過程中遇到錯誤訊息該如何解決? 我們將以實際經驗傳授您如何應用NCBI所提供的上傳方式,逐步將您所研究出的成果完整的上傳到這些網站。

第二課程主題:蛋白質結構生物資訊分析與應用
本課程內容包含基礎理論、實際應用到進階實機操作,課程內容包含「蛋白質結構視覺化與結構準備、蛋白質結構生物資訊應用與實例介紹、蛋白質結構模擬與預測實作、分子對接簡介、蛋白質-藥物分子對接與虛擬篩選實作、蛋白質與化學分子或蛋白質間分子作用力分析」。

藉由實際研究成果與經驗分享,以實例讓學員們快速了解結構生物資訊分析工具的功能及應用層面,進一步透過實機練習實作蛋白質結構模擬(modeling)與預測,同時搭配3D結構視覺化軟體(PyMOL)實地操作,熟悉蛋白質基礎結構特性;後續以藥物設計概念為基礎,實際演練分子對接(molecular docking)與虛擬藥物篩選。經由一整天完整課程規劃,提供學員系統性的概念與操作學習,有助於探討目標蛋白質結構相關的功能特性與應用發展。

 

場次:

時間:
【台南成大場】106年8月10日(四)~8月11日(五)
【新竹清大場】106年8月31日(四)~9月1日(五)

地點:
【台南成大場】國立成功大學 計算機中心二樓209電腦教室
【新竹清大場】國立清華大學 生命科學二館 R220電腦教室

上課人數:【台南成大場】 50 人 ; 【新竹清大場】 40 人

報名費:
【台南成大場】106年8月10日1,000元、106年8月11日1,000元
【新竹清大場】106年8月31日1,000元、106年9月1日1,000元

議程: 106年8月10日(四) 【台南成大場】 / 8月31日(四)【新竹清大場】
   主題: 基因體分析

時間

講員

題目

09:00-10:30

孫孝芳 老師

GBRED (Gene-Based Repetitive Element Database) (實機演練)

10:40-12:00

孫孝芳 老師

TAG (Tumor Associated Gene)(實機演練)

13:00-14:30

蕭貴陽 博士

NGS data submission to the SRA

14:40-16:30

劉益忠 博士

Submitting Your Genome Sequence to GenBank

議程: 106年8月11日(五) 【台南成大場】 / 9月1日(五)【新竹清大場】
   主題: 蛋白質結構生物資訊分析與應用

時間

講員

題目

09:00-10:00

劉益忠 博士

Protein Structure Visualization and Preparation (PyMOL)
蛋白質結構視覺化與結構準備(使用PyMOL實作)

10:10-11:00

呂平江 老師

Apply Structural Bioinformatics to Your Protein & Case Study
蛋白質結構生物資訊應用與實例介紹

11:10-12:00

呂平江 老師

Sequence to Structure - Homology Modeling and Prediction
蛋白質結構模擬與預測實作

13:00-13:30

呂平江 老師

Molecular Docking: Approaches, Types, Applications and Basic Challenges
分子對接簡介

13:30-15:30

劉益忠 博士

Molecular Docking and Virtual Screening
蛋白質-藥物分子對接與虛擬篩選實作

15:30-16:30

劉益忠 博士

Protein-protein or Protein-ligand Interaction
蛋白質與化學分子或蛋白質間分子作用力分析

  • 孫孝芳 - 國立成功大學分子醫學研究所 所長兼教授
  • 呂平江 - 國立清華大學生物資訊與結構生物研究所 教授
  • 蕭貴陽 - 國立成功大學生理學研究所 博士後研究員
  • 劉益忠 - 國立清華大學生物資訊與結構生物研究所 博士後研究員

報名方式:

  1. 線上報名:請至活動報名網頁報名,8月10日-11日之研習會,即日起至106年8月4日或額滿為止;8月30日-9月1日之研習會,即日起至106年8月21日或額滿為止。
  2. 線上報名後,請於報名截止日前完成繳費,方視為報名成功

 

繳費方式:

  1. 匯款轉帳
    於線上報名後,請在106年8月4日前及8月21日轉帳匯款至
    台新銀行-建北分行(銀行代號:812)
    帳號:004-10-070557-7-00
    戶名:財團法人國家衛生研究院
    轉帳完成後,當天請傳真或e-mail通知承辦人員確認,並提供以下資料:

    (1) 學員姓名及連絡電話(手機為佳)。

    (2) 匯款單影本。

    (3) 發票抬頭及統一編號,如無需要則請註明,發票將於課程當天領取。

  2. 若未能於期限前繳費完成者,請事前通知,如逾期未繳視同未報名完成。

 

注意事項

  1. 報名成功者會 E-mail通知上課說明,敬請於106年8月4日前及8月21日前繳費完畢;若未能於期限前繳費完成,請事前通知。敬請務必提供正確的E-mail以便寄發報到通知,未收到者請您來電詢問,謝謝!
  2. 繳費完成者如不克參加,恕不退費;發票開立若需抬頭統編請事先告知,並請妥善留存備查,恕不更改或補發。
  3. 請於上課前10分鐘間完成報到。
  4. 會議廳與電腦教室不能攜帶飲料進出 (包含食物及開水、飲料)。
  5. 本課程恕不提供停車服務。
  6. 全程參與者核發證書。

 

洽詢方式:

國家衛生研究院 生醫資源中心 齊小姐
電話:(037) 246166 轉 33602
傳真:(037) 586410
E-mail:susanchi@nhri.org.tw

 

 
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