E2
Taiwan Bioinformatics Institute

 

高通量資料分析研習會:以基因體甲基化資料分析為例

 

主辦單位:

國家衛生研究院
科技部生技醫藥核心設施平台

簡介:

本次研習會旨在研討如何利用高通量數據(high-throughput data)特性所提供之特殊機會,來提高生物醫學實驗之真實性(validity)與再現性(reproducibility),並促進各相關領域的合作。

基因體甲基化是表觀遺傳學(epigenetics)研究的重要一環,是在研究DNA序列不改變的情況下,DNA甲基化修飾與基因表達變化或細胞性狀(phenotype)改變之關係與機轉。目前已知癌症形成與惡化、胚胎發育、老化過程,或是環境暴露、藥物反應等,均與基因體甲基化有著密切的關係。本次課程將以研究者常用之主流平台之一:Illumina的DNA methylation array之數據分析為例,介紹此類基因體甲基化實驗所得高通量數據之特性,分享如何著重再現性、統計推論、以及生物路徑解釋的分析經驗與心得。茲簡述課程內容如下:

  1. 高通量數據資料的品質控制(quality control):利用array本身提供的negative/positive control probe及其資料之高通量(high-throughput)特性對資料提供品質檢查,排除品質不好的樣本;同時考慮probe的雜交效應(effects of hybridization)以移除有問題的probe;
  2. 顯著性分析(statistical significance):利用高通量資料的特性來估計已知或未知的batch effect/confounding variable,並放入適合的統計模型減輕它的影響,用以增加統計方法的power,並降低false discovery rate;
  3. 生物路徑分析(biological pathway analysis):探討如何利用高通量資料,產出在生物路徑層次的分析,得到更好的生物學解釋與及其真實性。

我們期望經由本課程的講解與實作,能讓學員具體了解本核心設施對DNA methylation array的分析步驟。遵循本系列課程之宗旨,我們亦將再次講解如何利用GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)所提供之友善且免費的使用者界面,進一步產出高通量數據的生物路徑層次之註解,也希望學員能夠以所學到的原理與觀念應用至其他感興趣的高通量資料,提供更有力的證據來支持生物醫學研究。

 

場次:

時間:106 年 7月 14日 (星期五)

地點:講座 台灣大學梁國樹國際會議廳
           實作 台灣大學計算機中心212教室

上課人數:講座 150 人 ; 實作 50 人

報名費:講座 500 元; 實作 500 元

議程

時間

講員

題目

9:00-9:40

張憶壽 研究員

高通量數據分析簡介:挑戰與機會
Introduction on high-throughput data analysis: challenges and opportunities

9:50-10:30

彭英哲 總經理

Illumina DNA甲基化平台簡介
Introduction on Illumina’s DNA methylation analysis technology platforms

10:40-11:30

陳中興 博士

Illumina DNA甲基化平台資料分析
BeadChip DNA methylation data analysis

11:40-12:30

王淑麗 研究員
江士昇 助研究員

尋找生物指標:Illumina DNA甲基化平台在環境健康科學上的應用
Application of DNA methylation data analysis on environmental health science for biomarkers identification

14:00-17:00

江士昇 助研究員
陳中興 博士
蔡芳榆 女士

Illumina DNA甲基化平台資料分析與GSEA實作課程
Analysis of BeadChip DNA methylation data and gene set enrichment analysis (GSEA)

  • 張憶壽 國家衛生研究院 癌症研究所 研究員
  • 王淑麗 國家衛生研究院 國家環境醫學研究所 研究員
  • 彭英哲 均泰生物科技有限公司 總經理
  • 江士昇 國家衛生研究院 癌症研究所 助研究員
  • 陳中興 國家衛生研究院 癌症研究所 博士後研究員
  • 蔡芳榆 國家衛生研究院 癌症研究所 研究助理

報名方式:

  1. 線上報名:請至活動報名網頁報名,即日起至106年7月6日或額滿為止。
  2. 線上報名後,請於106年7月7日前完成繳費,方視為報名成功
  3. 本研習會實作課程以有參加上午講座學員優先,一人一機演練,限50位報名

 

繳費方式:

  1. 匯款轉帳
    於線上報名後會收到繳費通知與回條,,請在106年7月7日前轉帳匯款至
    台新銀行-建北分行(銀行代號:812)
    帳號:004-10-070557-7-00
    戶名:財團法人國家衛生研究院
    轉帳完成後,當天請傳真或e-mail通知承辦人員確認,並提供以下資料:

    (1) 學員姓名及連絡電話(手機為佳)。

    (2) 匯款單影本。

    (3) 發票抬頭及統一編號,如無需要則請註明,發票將於課程當天領取。

  2. 若未能於期限前繳費完成者,請事前通知,如逾期未繳視同未報名完成。

 

注意事項

  1. 報名成功者會 E-mail通知上課說明,敬請於107年7月7日前繳費完畢;若未能於期限前繳費完成,請事前通知。敬請務必提供正確的E-mail以便寄發報到通知,未收到者請您來電詢問,謝謝!
  2. 繳費完成者如不克參加,恕不退費;發票開立若需抬頭統編請事先告知,並請妥善留存備查,恕不更改或補發。
  3. 請於上課前10分鐘間完成報到。
  4. 會議廳與電腦教室不能攜帶飲料進出 (包含食物及開水、飲料)。
  5. 本課程恕不提供停車服務。
  6. 全程參與者核發證書。

 

洽詢方式:

國家衛生研究院 生醫資源中心 齊小姐
電話:(037) 246166 轉 33602
傳真:(037) 586410
E-mail:susanchi@nhri.org.tw

 

 
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