E2
Taiwan Bioinformatics Institute

 

結構生物資訊分析研習會

 

主辦單位:

國家衛生研究院
清華大學生物資訊與結構生物研究所
科技部生技類核心設施平台維運計畫

簡介:

本研習會主要以實例讓學員們快速應用結構生物資訊分析工具,熟悉蛋白質基礎結構特性,實作蛋白質結構模擬(modeling)與預測,同時搭配3D結構視覺化軟體(PyMOL)實地操作, 實際演練分子對接(molecular docking)與虛擬篩選,提供學員系統性的概念與操作學習,有助於探討目標蛋白質結構相關的功能特性。

此外,利用結構生物學尋找分子及細胞標靶是目前在新藥開發領域廣泛被應用的分析技術平台,針對應用於蛋白質模擬、標靶藥物研究,結構藥物…等設計軟體工具的需求日益增加,美商BIOVIA公司開發了專業性研究軟體Discovery Studio(DS)。DS的主要功能包括有:

  1. 比較蛋白質間之序列,並根據序列的相似程度,推測蛋白質之功能。
  2. 建構和修改核酸、蛋白質以及多胜肽之結構,可計算分子表面之靜電力場和溶媒能
  3. 根據同源蛋白質之3D結構,自動、快速地進行目標蛋白質結構之模組。
  4. 藉由同源蛋白之序列與結構訊息,了解目標蛋白質之功能與分類,並進一步製做樹狀圖,進行物種演化之分析。
  5. 透過CHARMm進行古典力學與分子動力學之計算,研究大、小分子的能量與變化性。CHARMm可與DS之其它模組搭配,完成各種模擬計算,例如:蛋白質、小藥物對接程式CDOCKER。
  6. 利用小片段資料庫,配合蛋白質結構資訊,設計新的藥物或對已存在之藥物進行結構改造,篩選出具有潛力之藥物小分子後再進行合成。
  7. 可將小藥物分子與受體的活性口袋進行對接,了解對接位向。搭配小分子資料庫與平行化計算技術,可進行藥物結合可能性之高速篩選(Virtual High-Throughput Screening)。
  8. 預測小藥物分子的吸收、分佈、代謝路徑、分泌以及毒性。
  9. 預測蛋白和蛋白結合位向。

本課程內容包含基礎理論、實際應用到進階實機操作。先利用實際研究成果作經驗分享,讓使用者了解其軟體功能及應用層面。進一步透過實機練習讓使用者學會處理各種大、小分子之理論模擬計算、分子Structure-/ligand-based的策略和操作,並以分子結構為基礎之交互作用性預測功能。期望經此課程能對從事「蛋白質、化學分子、藥物設計」等相關領域之研究人員及學生,提供在實驗上之解釋或設計的幫助和方向。

 

場次:

時間:105年12月1日(星期四)~105年12月2日(星期五)

地點:國立清華大學 生命科學二館 R220電腦教室

上課人數: 40 人/日

報名費:105年12月01日1,000元、105年12月02日1,000元

12月01日議程

時間

講員

題目

09:00-10:30

呂平江 教授

Apply structural bioinformatics to your protein & Case study
蛋白質結構生物資訊應用與實例介紹

10:30-12:00

呂平江 教授

Sequence to Structure - Homology Modeling and Prediction
蛋白質結構模擬與預測實作

13:00-14:00

劉益忠 博士

Protein Structure Visualization and Preparation (PyMOL)
蛋白質結構視覺化與結構準備(使用PyMOL實作)

14:00-15:00

陳冠文 副理

BIOVIA Predictive Science Solution: Discovery Studio
BIOVIA DS應用介紹

15:00-17:00

陳冠文 副理

Protein Design and Optimization
結構設計與酵素優化實作

12月02日議程

時間

講員

題目

09:00-09:30

呂平江 教授

Application of molecular docking and virtual screening
分子對接與虛擬篩選應用

09:30-12:00

劉益忠 博士

Molecular docking and virtual screening
蛋白質-藥物分子對接與虛擬篩選實作
Protein-protein or protein-ligand interaction
蛋白質與化學分子或蛋白質間分子作用力分析

13:00-15:00

陳冠文 副理

Library Design– BIOVIA Pipeline Pilot Cheminformatics
資訊流程設計工具– BIOVIA Pipeline Pilot於資料庫設計的應用實作

15:00-17:00

陳冠文 副理

The Next Step: Precision Medicine
結構預測科學於精準醫學中扮演的角色

  • 呂平江 清華大學生物資訊與結構生物研究所 教授
  • 劉益忠 清華大學生物資訊與結構生物研究所 博士
  • 陳冠文 創源生物科技股份有限公司 副理

報名方式:

  1. 線上報名:請至活動報名網頁報名,即日起至105年11月25日或額滿為止。
  2. 線上報名成功,待收到繳款通知後,請於11月28日前完成繳費,方視為報名成功

 

繳費方式:

  1. 匯款轉帳
    於線上報名後,請在105年11月28日前轉帳匯款至
    台新銀行-建北分行(銀行代號:812)
    帳號:004-10-070557-7-00
    戶名:財團法人國家衛生研究院
    轉帳完成後,當天請傳真或e-mail通知承辦人員確認,並提供以下資料:

    (1) 學員姓名及連絡電話(手機為佳)。

    (2) 匯款單影本。

    (3) 發票抬頭及統一編號,如無需要則請註明,發票將於課程當天領取。

  2. 若未能於期限前繳費完成者,請事前通知,如逾期未繳視同未報名完成。

 

注意事項

  1. 報名成功者會 E-mail通知上課說明,敬請於105年11月28日前繳費完畢;若未能於期限前繳費完成,請事前通知。敬請務必提供正確的E-mail以便寄發報到通知,未收到者請您來電詢問,謝謝!
  2. 繳費完成者如不克參加,恕不退費;發票開立若需抬頭統編請事先告知,並請妥善留存備查,恕不更改或補發。
  3. 請於上課前10分鐘間完成報到。
  4. 電腦教室不能攜帶飲料進出 (包含食物及開水、飲料)。
  5. 本課程恕不提供停車服務。

 

洽詢方式:

國家衛生研究院 生醫資源中心 齊小姐
電話:(037) 246166 轉 33602
傳真:(037) 586410
E-mail:susanchi@nhri.org.tw