E2
Taiwan Bioinformatics Institute

 

基因體分析研習會

 

主辦單位:

國家衛生研究院
國立成功大學分子醫學研究所
國科會生技類核心設施平台維運計畫

簡介:

台灣生物資訊核心設施 (Taiwan Bioinformatics Institute Core Facility, 簡稱 TBI Core Facility)結合了國衛院、清華大學、交通大學以及成功大學四個機構生物資訊中心的專長,提供40餘種免費的分析工具與資料庫的網路服務,並且對學術界提供免費的客製化資料分析服務。

本課程為介紹TBI Core Facility所開發或建置的基因體分析網路工具,所有課程均搭配電腦實地操作,以簡明的方式讓學員們快速熟悉各種相關資料庫以及研究平台的使用。本次課程簡介如下:

1) GBRED (Gene-Based Repetitive Element Database)- 人類的基因體中有超過50%是由重複性序列所組成。我們先前的研究由網路上的資料庫下載鄰近於所有人類基因的序列,並利用RepeatMasker這個軟體進行交叉比對以辨認在這些序列中是否含有重複性序列,而建立了全基因體基因重複性片段分析資料庫。GBRED全面性的分析人類基因體當中可能參與在調控基因表現的重複性序列分布的位置以及其種類。我們發現不同種類的重複性序列其散佈在基因周遭的趨勢不盡相同,並且特定種類的重複性序列可能與特定的生物路徑有所相關。這點或許能幫助科學家們預測未知的基因功能,以及它們所參與的生物路徑 (Liang et al., manuscript in preparation)。

2) miRDeep2: microRNAs 或miRNAs在基因表現中扮演關鍵性調控角色,高通量次世代序列分析(Small RNA-Seq)提供了海量資料,利用生物資訊分析軟體,非常有利於分析已知miRNAs的表現,以及預測新穎miRNA的存在。miRDeep2,是一套針對Small RNA高通量定序數據,不受物種限制(可做人類,囓齒類以及其他物種) ,而且具有高度正確性分析及預測miRNAs的生物資訊分析軟體。藉由其完整分析功能,促進對於miRNAs表現或調控之瞭解。

3) TAG(Tumor Associated Gene)(http://www.binfo.ncku.edu.tw/TAG/)- 癌症(Tumor)為目前十大死因之一,TAG(Tumor Associated Gene)資料庫的建立主要的目的在利用電腦計算搜尋的策略,來辨認新穎的癌症相關基因。TAG提供簡便的功能,幫助使用者搜尋TAG資料庫裡的資訊及分析蛋白質可能與癌化相關的資訊 (Chan et al., NAR 2007)。亦可利用建立之蛋白質之功能性區域加權值量表,來辨認出新穎的癌症相關基因,進而幫助找出癌症研究的方向 (Chen et al., Bioinformatics 2013)。

4) The BEST(http://thebest.binfo.ncku.edu.tw/thebest/)- The BEST (The binding element searching tools)應用ClustalW 程式及hidden Markov Model (HMM) 演算法,針對一群特定的序列建立一個共同的profile。然後利用這個profile對資料庫做搜尋,以找出具有包含這些profile的序列。我們首先以HIF-1a binding site來測試這套系統,在初步的結果顯示,這套有系統的搜尋方法確實可以找到新的具有調控因子(Chen et al., NAR 2005)。後續的研究利用The BEST也都有非常好的研究成果 (Lu et al., Am J Pathol, 2011; Lin et al., J Clin Invest. 2011)。

場次:

時間:102 年 9月 6 日 (星期五)

地點:國立成功大學醫圖電腦教室
            台南市北區勝利路138號 [地理位置]

上課人數: 75 人 學員名單

報名費:免費

主題:基因體分析研習會

時 間 / 講 員 課 程 內 容
09:00 - 09:40
孫孝芳 教授

The gene-based repetitive element database: GBRED
講義下載[PDF]

09:40 - 10:00
孫孝芳 教授

Hands-on practice

10:00 - 11:50
林雅琪 博士

miRNA prediction from deep sequencing reads – miRDeep2
講義下載[PDF]

11:50 - 12:00
林雅琪 博士

Hands-on practice

Lunch break
13:30 - 15:00
陳琮明 博士

Tumor associated gene databases: TAG
講義下載[PDF]

Hands-on practice

15:00 - 16:30
蕭貴陽 博士

The binding elements searching tool: The BEST
講義下載[PDF]

Hands-on practice

報名方式及注意事項:

  1. 報名網頁請見 http://tpmd2.nhri.org.tw/registry/online_sign.php
    由於座位有限,如報名人數過多,本院保留篩選學員之權利,尚祈見諒!

    102 年 9月 2 日
    報名額滿即截止。
  2. 上課名單將於課程開始前三天公布於本網頁,同時以 E-mail 通知,
    敬請務必提供正確的 E-mail ,謝謝!
  3. 本課程於上午開始 , 請於上課前30分鐘間完成報到。
  4. 本課程恕不供應午餐。
  5. 本課程恕不提供停車服務。
  6. 電腦教室不能攜帶背包與飲料進出 (包含開水,教室外有置物櫃可放)。
  7. 進入醫圖電腦教室,需帶證件換證進入。

洽詢方式:

國家衛生研究院 生醫資源中心 齊小姐
電話:(037) 246166 轉 33602
傳真:(037) 586410
E-mail:susanchi@nhri.org.tw
地址:350 苗栗縣竹南鎮科研路 35號