E2
Taiwan Bioinformatics Institute

 

基因體醫學及生技研發之生物資訊核心設施

Phylogenetic Analysis Workshop
親 緣 演 化 分 析 研 習 會

 

主辦單位:

國家衛生研究院
國立成功大學 分子醫學研究所
基因體醫學國家型科技計畫

簡介:

「親緣演化分析」係利用序列分析以鑑別物種起源,推測基因及基因體演化歷史的方法,近年來更廣泛應用於病毒流行病學,如愛滋病毒、肝炎病毒及流感病毒方面的研究。為普及親緣演化分析工具之使用,「基因體醫學及生技研發之生物資訊核心設施」特開設親緣演化分析研習課程,除介紹親緣演化分析的基本理論、建構演化樹之方法,以及不同之樹型圖所代表的意義外,並配合常用之親緣演化分析工具:如Phylip, Treeview, Tree Puzzle, Mega, SimPlot, Split tree, POWER, Palm 等軟體的實際操作,俾使學員對演化分析能有更進一步的了解,並合適的應用於個人之學術研究之中。

課程內容:

時間:100 年 3月 21-22 日 (星期一、星期二)

地點:國立成功大學資訊大樓2樓 75209 電腦教室
台南市大學路1號 [地理位置]  [電腦教室]

上課人數: 50 人

報名費:免費

講 員 :劉信孚 博士,馬偕紀念醫院 醫學研究部 副研究員

議程:

時   間 課 程 內 容
3月21日 (星期一)
08:30 - 09:30

學 員 報 到

09:30 - 10:30
劉信孚 博士

Introduction to Molecular Evolution and Phylogenetic Analysis

10:30 - 12:00
劉信孚 博士

Phylogenetic Analysis Methods
Nucleotide substitution models
Distance matrix methods

Lunch break
13:30 - 15:30
劉信孚 博士

Computer Lab
Phylip home page, BioEdit, Mega, clustalX, Genedoc
Phylogenetic analysis programs (PHYLIP): distance matrix methods

15:30 - 16:30
劉信孚 博士

Phylogenetic Analysis Methods
Discrete character methods (Maximum parsimony)
Computer Lab
PHYLIP: Maximum parsimony

3月22日 (星期二)
09:30 - 12:00
劉信孚 博士

Phylogenetic Analysis Methods
Maximum likelihood method

Statistical Test for Phylogenetic Trees
Bootstrap analysis

Computer Lab
PHYLIP: ML, Seqboot

Lunch break
13:30 - 15:00
劉信孚 博士

The Other Phylogenetic Analysis Methods
Quartet puzzling method: Likelihood mapping analysis
Bayesian analyses
Split decomposition method

15:00 - 16:30
劉信孚 博士

Detecting Recombination in Viral Sequences
Similarity plot, bootscan plot

Computer Lab
Simplot, Splits tree

Examples of Applications Using Phylogenetic Analysis

16:30-17:00

POWER (Phylogenetic Web Repeater)
Power: Graphical interface of PHYLIP programs
http://power.nhri.org.tw/

Hands on Practice

 

報名方式及注意事項:

  1. 一律線上報名,報名網頁請見 http://registry.nhri.org.tw/apply_form.asp
    100 年 3月 15 日報名額滿即截止。
    由於座位有限,如報名人數過多,本院保留篩選學員之權利
  2. 上課名單將於課程開始前三天公布於本網頁,同時以 E-mail 通知錄取學員,
    敬請務必提供正確的 E-mail ,謝謝!
  3. 本課程於上午 9:30 開始 , 請於早上 9:00- 9:30 間完成報到,以免影響上課秩序。
  4. 本課程恕不供應午餐。
  5. 本課程恕不提供停車服務。

洽詢方式:

國家衛生研究院 生醫資源中心 
電話:(037) 246166 轉 33621
傳真:(037) 586410
E-mail:service@tbi.org.tw
地址:350 苗栗縣竹南鎮科研路 35號