E2
Taiwan Bioinformatics Institute

基因體醫學及生技研發之生物資訊核心設施

Phylogenetic Analysis Workshop
親 緣 演 化 分 析 研 習 會

 

主辦單位:

國家衛生研究院
基因體醫學國家型科技計畫

簡介:

「親緣演化分析」係利用序列分析以鑑別物種起源,推測基因及基因體演化歷史的方法,近年來更廣泛應用於病毒流行病學,如愛滋病毒、肝炎病毒及流感病毒之研究。本研習會將介紹親緣演化分析之基本概念及近年來新發展的研究理論、如何建構演化樹並畫出樹型圖,以及在不同的假設下運用合適之演算法等。課程中並提供 Phylip, Treeview, Tree Puzzle, Mega, SimPlot, Split tree, POWER, Palm 等分析工具的上機操作演練,以幫助學員熟悉分析軟體在研究上的應用。

課程內容:

時間:99年 11月 22-23日 (星期一、星期二)

地點:台灣師範大學進修推廣學院 B1 電腦教室
   台北市大安區和平東路一段 129 號 [交通路線圖] 

上課人數: 50 人

報名費:免費

講 員 :劉信孚 博士,馬偕紀念醫院醫學研究部 副研究員

     林介華 女士,國家衛生研究院 生物統計與生物資訊研究所

議程:

時   間 課 程 內 容
11月22日 (星期一)
09:30 - 10:30
劉信孚 博士

Introduction to Molecular Evolution and Phylogenetic Analysis

10:30 - 12:00
劉信孚 博士

Phylogenetic Analysis Methods
Nucleotide substitution models
Distance matrix methods

Lunch break
13:30 - 15:30
劉信孚 博士

Computer Lab
Phylip home page, BioEdit, Mega, clustalX, Genedoc
Phylogenetic analysis programs (PHYLIP): distance matrix methods

15:30 - 17:00
劉信孚 博士

Phylogenetic Analysis Methods
Discrete character methods (Maximum parsimony)
Computer Lab
PHYLIP: Maximum parsimony

11月23日 (星期二)
09:30 - 10:30
劉信孚 博士

Phylogenetic Analysis Methods
Maximum likelihood method

Statistical Test for Phylogenetic Trees
Bootstrap analysis

Computer Lab
PHYLIP: ML, Seqboot

10:30 - 12:00
劉信孚 博士

The Other Phylogenetic Analysis Methods
Quartet puzzling method: Likelihood mapping analysis
Bayesian analyses
Split decomposition method

Lunch break
13:30 - 15:30
劉信孚 博士

Detecting Recombination in Viral Sequences
Similarity plot, bootscan plot

Computer Lab
Simplot, Splits tree

Examples of Applications Using Phylogenetic Analysis

15:30-17:00
林介華 女士

POWER (Phylogenetic Web Repeater)
Power: Graphical interface of PHYLIP programs
http://power.nhri.org.tw/

Hands on Practice

 

報名方式及注意事項:

  1. 一律線上報名,報名網頁請見 http://registry.nhri.org.tw/apply_form.asp
    99 年 11月 14日 或報名額滿即截止。
    由於座位有限,如報名人數過多,本院保留篩選學員之權利
  2. 上課名單將於課程開始前三天公布於本網頁,同時以 E-mail 通知錄取學員,
    敬請務必提供正確的 E-mail ,謝謝!
  3. 本課程於上午 9:30 開始 , 請於早上 9:00- 9:30 間完成報到,以免影響上課秩序。
  4. 本課程恕不供應午餐。
  5. 本課程恕不提供停車服務。

洽詢方式:

國家衛生研究院 生醫資源中心 
電話:(037) 246166 轉 33621
傳真:(037) 586410
E-mail:service@tbi.org.tw
地址:350 苗栗縣竹南鎮科研路 35號