E2
Taiwan Bioinformatics Institute

基因體醫學生技研發生物資訊核心

Phylogenetic Analysis Workshop
親緣演化分析研習會

 

主辦單位:

國家衛生研究院
中國醫藥大學
基因體醫學國家型科技計畫

簡介:

「親緣演化分析」係利用序列分析以鑑別物種起源,推測基因及基因體演化歷史的方法,近年來更廣泛應用於病毒流行病學,特別是愛滋病毒方面的研究。為普及分子演 化分析工具之使用,基因體醫學生技研發生物資訊核心特開設親緣演化分析研習課程,介紹親緣演化分析基本理論、建構演化樹之方法,以及不同演化樹所代表的意 義,並配合常用之親緣演化分析軟體的實際操作,俾使學員對演化分析能有更進一步的了解。

課程內容:

時間:98年 3月 09-10日 (星期一、星期二)

地點:中國醫藥大學立夫教學大樓 5F 電腦教室
   台中市北區學士路 91 號 [交通路線圖] [校園地圖]

上課人數: 55 人

報名費:免費

講 員 :劉信孚 博士,馬偕紀念醫院 醫學研究部 副研究員

     林仲彥 博士,中央研究院 資訊科學研究所 助研究員

議程:

時   間 課 程 內 容
3月9日 (星期一)
09:30 - 10:30
劉信孚 博士

Introduction to Molecular Evolution and Phylogenetic Analysis

10:30 - 12:00
劉信孚 博士

Phylogenetic Analysis Methods
Nucleotide substitution models
Distance matrix methods

Lunch break
13:30 - 15:30
劉信孚 博士

Computer Lab
Phylip home page, BioEdit, Mega, clustalX, Genedoc
Phylogenetic analysis programs (PHYLIP): distance matrix methods

15:30 - 17:00
劉信孚 博士

Phylogenetic Analysis Methods
Discrete character methods (Maximum parsimony)
Computer Lab
PHYLIP: Maximum parsimony

3月10日 (星期二)
09:30 - 10:30
劉信孚 博士

Phylogenetic Analysis Methods
Maximum likelihood method

Statistical Test for Phylogenetic Trees
Bootstrap analysis

Computer Lab
PHYLIP: ML, Seqboot

10:30 - 12:00
劉信孚 博士

The Other Phylogenetic Analysis Methods
Quartet puzzling method: Likelihood mapping analysis
Bayesian analyses
Split decomposition method

Lunch break
13:30 - 15:30
劉信孚 博士

Detecting Recombination in Viral Sequences
Similarity plot, bootscan plot

Computer Lab
Simplot, modeltest, MrBayes, Splits tree

Examples of Applications Using Phylogenetic Analysis

15:30-17:00
林仲彥 博士

POWER (Phylogenetic Web Repeater)
Power: Graphical interface of PHYLIP programs

Palm (Phylogenetic Reconstruction by Automatic Likelihood Model Selector)
介紹:PALM為一個自動選擇最佳演化模型之生物分子親緣關係分析平台,共有24種DNA演化模型及96種蛋白質演化模型,可供本系統同時評估,依其統計結果擇取最佳模型再輔以Bootstrap分析,並進一步提供互動式親緣樹檢視介面,方便使用者對親緣樹型進行翻轉、交換,同時也可以透過圖像化方式刪除與新增分析序列,再次進行新的分析工作。PLAM以極具親和性的介面,大大地減少使用者的進行複雜多演化模型分析的難度與時間,使得生物學家能以更具統計意義的演化模型來解釋所建構出來的親緣關係,與其中所包含的生物意涵。

 

報名方式及注意事項:

    1. 一律線上報名,報名網頁請見 http://registry.nhri.org.tw/apply_form.asp
      98 年 3月 4 日 或報名額滿即截止。由於座位有限,如報名人數過多,
      本院保留篩選學員之權利。
    2. 上課名單將於課程開始前三天公布於本網頁,同時以 E-mail 通知錄取學員,
      敬請務必提供正確的 E-mail ,謝謝!
    3. 本課程於上午 9:30 開始 , 請於早上 9:00- 9:30間完成報到,以免影響上課秩序。
    4. 本課程恕不供應午餐。

洽詢方式:

國家衛生研究院 生醫資源中心 
電話:(037) 246166 轉 33621
傳真:(037) 586410
E-mail:service@tbi.org.tw
地址:350 苗栗縣竹南鎮科研路 35號