E2
Taiwan Bioinformatics Institute

基因體醫學生技研發生物資訊核心

JEMBOSS 基 礎 課 程

主辦單位:

國家衛生研究院
中央研究院生命科學圖書館
基因體醫學國家型科技計畫

簡介:

基因體醫學生技研發生物資訊核心為基因體醫學國家型科技計畫所支持,以提供並推廣各項生物資訊服務為宗旨。為普及 EMBOSS 分析工具的使用,本計畫特與中央研究院生命科學圖書館合作,開設 JEMBOSS 基礎課程。
EMBOSS 全名為 European Molecular Biology Open Software Suite,是免費公開的序列分析用程式組,由分子生物研究社群所共同開發,其程式與世界蛋白質、核酸資料庫連結,並同步更新。EMBOSS 除可用來搜尋序列之外,還能進行序列比對、尋找酵素切位、蛋白質motif, domain 和二級結構預測等分析。而 JEMBOSS 即 Java 界面的 EMBOSS 程式圖形分析程式,採用 user-friendly 的 Java 視窗,來呈現並執行 EMBOSS 程式。JEMBOSS 亦具備檔案管理功能,使用者於下載並且安裝 Java web start 程式後,即可在自己的 PC 上操作,進行序列分析工作並儲存結果,使用相當方便。本次課程內容除介紹 JEMBOSS 分析工具之原理與操作方法外,還透過電腦實作的方式來加強練習,俾使學員們在課程結束後,能夠順利使用 JEMBOSS,並應用於個人的實驗分析上,加速研究的進展。此為最基礎之課程,適合序列分析初學者報名參加

課程內容:

時間:98年 2月 25-26 日 (星期三、星期四)

地點:中研院生命科學圖書館電腦教室
   台北市南港區研究院路二段 128 號  [地圖]

上課人數: 45人

報名費:免費

講員 :國家衛生研究院 生醫資訊服務組 、王旭川 女士

議程:

時   間
內    容
98 年 2 月25 日
(星期三)

09:30 - 16:30

  • 課程簡介(汪詩海)
  • JEMBOSS系統簡介及基本操作 (汪詩海)
  • 資料庫及 EMBOSS 程式簡介:wossname, seqret (汪詩海)
  • 以文字搜尋資料庫Entrez, ExPASy, EBI (汪詩海)
  • 序列比對分析基本概念 (王旭川)
  • 資料庫搜尋比對BLAST (王旭川)
  • JEMBOSS序列分析程式簡介 needle, water, emma, showalign, prettyplot (王旭川)
  • JEMBOSS序列分析程式簡介remap, getorf, plotorf (汪詩海)
98 年 2 月 26 日
(星期四)

09:30 - 12:00

  • JEMBOSS引子預測程式 primer3 (王旭川)
  • JEMBOSS蛋白質特性分析程式 pepstats, charge, hmoment, pepwheel (王旭川)
  • JEMBOSS蛋白質pattern搜尋:patmatmotifs, fuzzpro (汪詩海)
  • EMBOSS GUI 介紹 (汪詩海)

 

報名方式及注意事項:

  1. 一律線上報名,報名網頁請見 http://registry.nhri.org.tw/apply_form.asp
    98 年 2月 20 日 或報名額滿即截止。由於座位有限,如報名人數過多,
    本院保留篩選學員之權利。
  2. 上課名單將於課程開始前三天公布於本網頁,同時以 E-mail 通知錄取學員,
    敬請務必提供正確的 E-mail ,謝謝!
  3. 中研院生圖於早上 8:40 開館 , 請於早上 9:30 前完成報到程序,以免影響上課秩序。
  4. 本課程恕不供應午餐。

 

洽詢方式:

國家衛生研究院 生醫資源中心 
電話:(037) 246166 轉 33621
傳真:(037) 586410
E-mail:service@tbi.org.tw
地址:350苗栗縣竹南鎮科研路35號