E2
Taiwan Bioinformatics Institute

基因體醫學生技研發生物資訊核心

Phylogenetic Analysis Workshop
親緣演化分析研習會

 

主辦單位:

國家衛生研究院
基因體醫學國家型科技計畫

簡介:

「親緣演化分析」係利用序列分析以鑑別物種起源,推測基因及基因體演化歷史的方法,近年來更廣泛應用於病毒流行病學,特別是愛滋病毒方面的研究。為普及分子演 化分析工具之使用,基因體醫學生技研發生物資訊核心特開設親緣演化分析研習課程,介紹親緣演化分析基本理論、建構演化樹之方法,以及不同演化樹所代表的意 義,並配合常用之親緣演化分析軟體的實際操作,俾使學員對演化分析能有更進一步的了解。

課程內容:

時間:97年 5月 29-30日 (星期四、星期五)

地點:中研院生圖電腦教室
   北市研究院路二段 128 號 [地圖]

上課人數: 50 人

報名費:免費

講 員 :劉信孚 博士,馬偕紀念醫院 醫學研究部 副研究員

     林仲彥 博士,中央研究院 資訊科學研究所 助研究員

議程:

時   間 課 程 內 容
5月29日 (星期四)
09:00 - 10:30
劉信孚 博士

Introduction to Molecular Evolution and Phylogenetic Analysis

10:40 - 12:00
劉信孚 博士

Phylogenetic Analysis Methods
Nucleotide substitution models
Distance matrix methods

Lunch break
13:30 - 15:20
劉信孚 博士

Computer Lab
Phylip home page, BioEdit, Mega, clustalX, Genedoc
Phylogenetic analysis programs (PHYLIP): distance matrix methods

15:30 - 17:20
劉信孚 博士

Phylogenetic Analysis Methods
Discrete character methods (Maximum parsimony)
Computer Lab
PHYLIP: Maximum parsimony

5月30日 (星期五)
9:00 - 10:30
劉信孚 博士

Phylogenetic Analysis Methods
Maximum likelihood method

Statistical Test for Phylogenetic Trees
Bootstrap analysis

Computer Lab
PHYLIP: ML, Seqboot

10:40 - 12:00
劉信孚 博士

The Other Phylogenetic Analysis Methods
Quartet puzzling method: Likelihood mapping analysis
Bayesian analyses
Split decomposition method

Lunch break
13:30 - 16:00
劉信孚 博士

Detecting Recombination in Viral Sequences
Similarity plot, bootscan plot

Computer Lab
Simplot, modeltest, MrBayes, Splits tree

Examples of Applications Using Phylogenetic Analysis

16:10-17:10
林仲彥 博士

POWER (Phylogenetic Web Repeater)
Power: Graphical interface of PHYLIP programs

 

報名方式及注意事項:

    1. 一律線上報名,報名網頁請見 http://registry.nhri.org.tw/apply_form.asp
      97 年 5月 23日 或報名額滿即截止。由於座位有限,如報名人數過多,
      本院保留篩選學員之權利。
    2. 上課名單將於課程開始前三天公布於本網頁,同時以 E-mail 通知錄取學員,
      敬請務必提供正確的 E-mail ,謝謝!
    3. 本課程於上午 9:00 開始 , 請於早上 8:30- 9:00間完成報到,以免影響上課秩序。
    4. 本課程恕不供應午餐。

洽詢方式:

國家衛生研究院 生醫資源中心 
電話:(037) 246166 轉 33621
傳真:(037) 586410
E-mail:service@tbi.org.tw
地址:350 苗栗縣竹南鎮科研路 35號