E2
Taiwan Bioinformatics Institute

基因體醫學生技研發生物資訊核心

Phylogenetic Analysis Workshop
分子演化分析基礎課程

 

主辦單位:

國家衛生研究院
基因體醫學國家型科技計畫

簡介:

基因體醫學生技研發生物資訊核心為基因體醫學國家型科技計畫所支持,由國家衛生研究院研究資源處執行,以提供並推廣各項生物資訊服務為宗旨。為普及分子演化分析工具之使用,本計畫特開設分子演化分析研習課程。

自基因體定序計畫陸續進行後,以不同物種的同一基因序列分析而定出各物種間之演化關係的分子演化分析,越來越受到不同領域的研究人員的重視。這類演化分析除程式的實際操作之外,若能了解其分析理論基礎,可增加分析結果之正確性及可信度。

本課程主要講解分子演化分析基本理論、介紹常用之分子演化分析軟體,並配合電腦上機操作,俾使學員對分子演化分析能有更進一步的了解。

 

課程內容:

時間:95年 11月 15-16日 (星期三、星期四)

地點:中研院生圖電腦教室
   北市研究院路二段 128 號 [地圖]

上課人數: 50 人

報名費:免費

講 員 :劉信孚 博士,馬偕紀念醫院 醫學研究科 副研究員

林介華 女士,國家衛生研究院 生物統計與生物資訊研究組

議程:

時   間 課 程 內 容
11月15日 (星期三)
09:30 - 10:50
劉信孚 博士

Introduction to Molecular Evolution and Phylogenetic Analysis

Phylogenetic Analysis Methods
Theoretical background of different phylogenetic methods,
Nucleotide substitution models

11:00 - 12:00

Phylogenetic Analysis Methods
Distance matrix methods, substitution models

Lunch break
13:30 - 15:00
劉信孚 博士

Computer Lab
Phylip home page, Genedoc (file conversion), BioEdit
Phylogenetic analysis programs (PHYLIP): distance matrix methods

15:15 - 17:00
劉信孚 博士

Phylogenetic Analysis Methods
Discrete character methods (Parsimony method, Maximum likelihood method)
Computer Lab
PHYLIP: Parsimony and ML methods

11月16日 (星期四)
9:30 - 10:30
劉信孚 博士

Statistical Test for Phylogenetic Trees

Computer Lab
PHYLIP: bootstrap analysis

10:45 - 12:00
劉信孚 博士

The Other Phylogenetic Analysis Methods
Quartet puzzling method, Likelihood mapping analysis

Examples of Applications Using Phylogenetic Analysis

Lunch break
13:30 - 15:20
劉信孚 博士

Detecting Recombination in Viral Sequences
Simplot

Computer Lab
TREE-PUZZLE, Fast-dnaml, MacClade, …etc.
Free practice and trouble shooting.

15:30 - 17:00
林介華 女士

POWER
Phylogenetic Web Repeater

 

報名方式及注意事項:

    1. 一律線上報名,報名網頁請見 http://registry.nhri.org.tw/apply_form.asp
      95 年 11 月 9 日 或報名額滿即截止。由於座位有限,如報名人數過多,
      本院保留篩選學員之權利。
    2. 上課名單將於課程開始前三天公布於本網頁,同時以 E-mail 通知錄取學員,
      敬請務必提供正確的 E-mail ,謝謝!
    3. 中研院生圖於早上 8:30 開館 , 請務必於早上 9:20 前完成報到,以免影響上課秩序。
    4. 本課程恕不供應午餐。

洽詢方式:

國家衛生研究院 生醫資源中心 
電話:(037) 246166 轉 33621
傳真:(037) 586410
E-mail:service@tbi.org.tw
地址:350 苗栗縣竹南鎮科研路 35號