E2
Taiwan Bioinformatics Institute

基因體醫學生技研發生物資訊核心

Phylogenetic Analysis Workshop
分子演化分析基礎課程

 

主辦單位:

國家衛生研究院
基因體醫學國家型科技計畫

簡介:

基因體醫學生技研發生物資訊核心為基因體醫學國家型科技計畫所支持,由國家衛生研究院研究資源處執行,以提供並推廣各項生物資訊服務為宗旨。為普及分子演化分析工具之使用,本計畫特開設分子演化分析研習課程。

自基因體定序計畫陸續進行後,以不同物種的同一基因序列分析而定出各物種間之演化關係的分子演化分析,越來越受到不同領域的研究人員的重視。這類演化分析除程式的實際操作之外,若能了解其分析理論基礎,可增加分析結果之正確性及可信度。

本課程主要講解分子演化分析基本理論、介紹常用之分子演化分析軟體,並配合電腦上機操作,俾使學員對分子演化分析能有更進一步的了解。

 

課程內容:

時間:95年 4月 19-20日 (星期三下午、星期四全天)

地點:中研院生圖電腦教室
   北市研究院路二段 128 號 [地圖]

上課人數: 50 人

報名費:免費

講員:劉信孚 博士,馬偕紀念醫院 醫學研究科 副研究員
   林介華 女士,國家衛生研究院 生物統計與生物資訊研究組

議程:

時   間 課 程 內 容
四月十九日
13:00 - 14:30
劉信孚 博士

Introduction to Molecular Evolution and Phylogenetic Analysis

Phylogenetic Analysis Methods
Theoretical background of different phylogenetic methods,
Nucleotide substitution models

Phylogenetic Analysis Methods
Distance matrix methods

14:45 - 16:00
劉信孚 博士

Computer Lab
Phylip home page, Genedoc, BioEdit
Phylogenetic analysis programs (PHYLIP): distance matrix methods

16:10 - 17:30
劉信孚 博士

Phylogenetic Analysis Methods
Discrete character methods (Parsimony method, Maximum likelihood method)
Computer Lab
PHYLIP: Parsimony and ML methods

四月二十日
9:00 - 10:30
劉信孚 博士

Statistical Test for Phylogenetic Trees

Computer Lab
PHYLIP: bootstrap analysis

10:45 - 12:00
劉信孚 博士

The Other Phylogenetic Analysis Methods
Quartet puzzling method, Likelihood mapping analysis

Examples of Applications Using Phylogenetic Analysis

Lunch break
13:30 - 15:30
劉信孚 博士

Detecting Recombination in Viral Sequences
Simplot

Computer Lab
TREE-PUZZLE, Fast-dnaml, MacClade, …etc.
Free practice and trouble shooting.

15:40 - 17:00
林介華 女士

POWER
Phylogenetic Web Repeater

 

學員名單:

編號
姓 名
單  位
職 稱
1
王大成
中央大學
研究生
2
王俐婷
食品工業發展研究所
研究員
3
王郁峻
中央研究院
研究助理
4
王淳藝
台灣大學
研究生
5
何小曼
國立台北教育大學
教授
6
何珮楨
東吳大學
研究助理
7
何珮筠
東吳大學
研究生
8
何詩琥
台灣大學
博士後研究
9
余秋潔
屏東科技大學
研究生
10
宋明叡
大同大學
研究生
11
李佩珊
慈濟大學
研究生
12
李宗璘
海洋大學
助理教授
13
李淑娟
台灣大學
博士生
14
李輝燦
長庚醫院
研究助理
15
周韋汝
交通大學
研究生
16
林育如
家畜衛生試驗所
研究助理
17
林時羽
馬偕紀念醫院
主治醫師
18
林慧茹
中央研究院
研究助理
19
胡文綺
台灣大學
博士生
20
胡正恆
慈濟大學
助理教授
21
孫俊仁
三軍總醫院
醫檢師
22
高紹慈
台北市立教育大學
研究生
23
張君妍
亞洲大學
研究生
24
張家宜
家畜衛生試驗所
助理研究員
25
張容菱
屏東科技大學
研究助理
26
張雅君
台灣大學
副教授
27
莊淑錚
國立台北教育大學
研究生
28
郭 定
德民技術學院
副教授
29
陳士杰
國立聯合大學
助理教授
30
陳美君
中央大學
研究生
31
陳夢怡
台灣大學
研究生
32
陳韻如
台灣大學
研究生
33
陳瓏元
台大醫院
研究助理
34
彭淑貞
苗栗區農業改良場
助理研究員
35
曾俊憲
農委會家衛所
助理研究員
36
曾登裕
中央研究院
博士後研究
37
舒佩芸
疾病管制局
研究員
38
黃思霖
大仁科技大學
研究生
39
黃盈嘉
台北市立教育大學
研究生
40
黃家富
水產試驗所
副研究員
41
黃偉峰
台灣大學
博士候選人
42
楊鉅文
陽明大學
博士後研究
43
廖采苓
疾病管制局
助理研究員
44
盧美君
苗栗區農業改良場
助理研究員
45
蕭茹萍
農委會農業藥物毒物試驗所
專業助理
46
戴君如
食品工業發展研究所
副研究員
47
關媺媺
疾病管制局
助理研究員
48
顧穎傑
中央研究院
研究助理

 

注意事項:

  1. 本課程以 E-mail 發給學員上課通知,報名資格請勿轉讓或代理參加。
  2. 敬請準時報到,以避免影響課程之進行。
  3. 上課時可自行帶 DNA 序列做為練習之用,請以純文字格式存在磁碟片隨身碟中。
  4. 上課時請勿攜帶太多物品,並請遵守上課場所的相關規定。
  5. 請準時於 4/19 中午 12:30-13:00 間報到,報到時將發給上課證供進出圖書館之用,請先出示上課證,待館員開門後進入,注意勿逕用手推閘門,以免閘門損壞
  6. 本課程恕不供應午餐
  7. 本課程遵守中研院規定,故不提供免費停車服務,自行開車者停車費用請參考中研院網頁說明

 

洽詢方式:

國家衛生研究院 生醫資源中心 
電話:(037) 246166 轉 33621
傳真:(037) 586410
E-mail:service@tbi.org.tw
地址:350 苗栗縣竹南鎮科研路 35號