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Sequence retrieval using JEMBOSS
JEMBOSS 的 seqret 程式可用來自資料庫中取得所需的序列，在執行 seqret 程式前，可用 showdb 程式檢視系統資料庫。
showdb：列出資料庫清單
  go to : showdb。
按 GO。
檢視資料庫：國衛院收錄的 EMBL (DDBJ, GenBank) 核酸資料庫是每三個月更新一次，若要尋找最新的序列，建議利用 embldaily 核酸資料庫 (daily updated)。
seqret：自資料庫擷取序列
  seqret 操作步驟：
GoTo : seqret，按 enter ，JEMBOSS 將會切換到 seqret 的程式畫面。
 
輸入 "資料庫名稱:accession number / entry name" 於 Sequence Filename 的欄位中輸入資料庫的名稱與accession number (如：embl:m96160 )。如果不確定資料庫名稱的話，也可以由 Input Sequence Options 的選項進入，選擇合適的資料庫，接著並輸入序列 accession number或是 entry name即可。
按 GO 。
結果輸出：
  一般而言預設的序列輸出結果為 FASTA 格式，倘若無法擷取到序列時，可能為 accession number 出錯，可確定之後再試一次。
 
結果檢視：
  seqret 程式自資料庫中搜尋到序列之後，會跳出新視窗，顯示找到的序列內容。視窗上方會列出 "cmd", 即 command line的指令及參數，可以當參考。
存檔：
  找到的序列，可能會以序列名稱作為 output，而非一定以 accession number作為 output。儲存序列時，請點選 File 選項，並儲存於個人電腦之中，檔名記得自行更換，按'儲存'。
 
 
轉換序列格式：
    如果使用者需要將序列轉存為其他格式，可以點選 output section 的選項，選完將會跳出新視窗，並有一個 unspecified 的下拉式選單。使用者可從選單中選取合適的 output sequence format。其中包括 text, genbank, gcg, fasta等序列格式，以及多序列並列分析的格式如 msf, phylip, clustal 等。選擇適當的格式，按"確定"，序列擷取的結果就會轉換為使用者需要的格式。
 
若對 seqret 程式之使用有任何問題，可以瀏覽使用說明：請點選 "GO" 按鈕旁的 "i" 按鈕，即會跳出說明網頁的視窗，請見下圖。