miRTarBase：實驗證實的miRNA-標靶基因資料庫

圖一：miRTarBase網站使用量統計(2011年7月至2015年11月)

miRTarBase (http://miRTarBase.mbc.nctu.edu.tw) 是由轉譯醫學暨生技研發之生物資訊核心設施(簡稱TMBD核心)黃憲達教授團隊蒐集經過實驗驗證的miRNA-標靶基因(miRNA-target interactions, MTIs) 所建置的資料庫。使用者可以在miRTarBase查詢到經不同實驗方法驗證過的受miRNA調控的基因，也可以反向知道感興趣的基因會被哪些miRNA所調控。miRTarBase 自2011年發表至今，經過兩次重大更新，目前被引用次數超過350次，網站也被高度使用，瀏覽量約80萬次，使用者遍布世界各地，如圖一所示，為世界級的生物資料庫。許多世界知名的生物資料庫收錄了miRTarBase的資料，例如收錄及命名miRNA的miRBase資料庫、收錄完整基因資料庫的GeneCards、及全球收錄最完整的老鼠基因體資料庫Mouse Genome Database (MGD)等。近期一次miRTarBase的更新除了增加miRNA-標靶基因的關係資料量以外，更完整整合了高通量定序資料、癌症基因圖譜 (The Cancer Genome Atlas, TCGA) 及疾病的資料(圖二)，讓miRNA-標靶基因的關係不再只是只有 in vitro 的證據，且加入了臨床證據，將更有助於生物醫學的研究。往後生物學家除了可以查詢目前已知的miRNA能調控的基因，也能更進一步觀察miRNA-target network功能及expression profiles of miRNA 與 target gene，來了解miRNA調控某個pathway調控網路的全貌。