RNAi分析工具與服務


Two-channel cell-based RNAi資料分析軟體

RNA干擾(RNA interference,簡稱RNAi) 是細胞內小片段的RNA,可以分解messenger RNA,造成基因表現抑制的現象。利用已經建立完整的RNAi libraries與high-throughput screening RNAi的技術,研究者可用於尋找在人類細胞中未知的基因功能,以及用來尋找與病毒發生交互作用的宿主基因(host factor)上。其中最具有挑戰性的問題之一,就是處理multiple comparisons問題與其相關的兩種數據:false positive rate和false negative rate。

我們與RNAi核心設施合作,依據該核心設施所提供的 RNAi篩選實驗,建立了統計模型與分析方法,發展出two-channel cell-based RNAi資料分析軟體,目的是希望在細胞內找到影響細胞pathway activity中基因表現量,同時對細胞cell viability量並無改變之short hair-pin RNAs (shRNAs)。我們發展的統計方法,可以計算出每個shRNA在其相應基因之表現上positive / negative effect的機率,提供研究人員作為選擇標的基因(target gene)進行後續實驗驗證的參考。

Two-channel cell-based RNAi分析軟體已經開放免費下載,軟體下載與使用說明請參考RNAi analysis tool網頁,我們並提供範例的input file供使用者測試,歡迎多多利用。

RNAi資料分析客製化服務

本核心也提供完整的RNAi 資料分析客製化服務,如果您已有two-channel cell-based high-throughput RNAi data with replicate,我們可利用上述軟體進行客製化服務,找出可能的shRNA與基因。我們的分析流程包括data preprocessing、統計模型的建立以及分析結果的解釋。另一方面,如果您有打算進行two-channel cell-based high-throughput RNAi的實驗,我們可以依照我們過去的經驗和您共同討論實驗設計。資料分析客製化服務對學術界不收費,如有需要,請填寫申請表寄至服務信箱,我們會盡快與您聯絡並安排需求訪談,聯絡方式如下:

     服務專線: 037-246166 x33621
     Email: service@tbi.org.tw
     客製化服務申請表(下載 Word DOC PDF )