基因體醫學生技研發生物資訊核心

Phylogenetic Analysis Workshop
親緣演化分析研習會

 

主辦單位：	國家衛生研究院
	中央研究院生命科學圖書館
	基因體醫學國家型科技計畫

【學員名單公布】

簡介：

「親緣演化分析」係利用序列分析以鑑別物種起源，推測基因及基因體演化歷史的方法，近年來更廣泛應用於病毒流行病學，特別是愛滋病毒方面的研究。為普及分子演 化分析工具之使用，基因體醫學生技研發生物資訊核心特開設親緣演化分析研習課程，介紹親緣演化分析基本理論、建構演化樹之方法，以及不同演化樹所代表的意 義，並配合常用之親緣演化分析軟體的實際操作，俾使學員對演化分析能有更進一步的了解。

課程內容：

時間：97年 11月 17-18日 (星期一、星期二)

地點：中研院生圖電腦教室
　　　北市研究院路二段 128 號　[地圖]

上課人數： 50 人

報名費：免費

講 員 ：劉信孚 博士，馬偕紀念醫院 醫學研究部 副研究員

　　 　 林仲彥 博士，中央研究院 資訊科學研究所 助研究員

議程：

時 　 間	課 程 內 容
11月17日 (星期一)
09:30 - 10:30 劉信孚 博士	Introduction to Molecular Evolution and Phylogenetic Analysis
10:30 - 12:00 劉信孚 博士	Phylogenetic Analysis Methods Nucleotide substitution models Distance matrix methods
Lunch break
13:30 - 15:30 劉信孚 博士	Computer Lab Phylip home page, BioEdit, Mega, clustalX, Genedoc Phylogenetic analysis programs (PHYLIP): distance matrix methods
15:30 - 17:00 劉信孚 博士	Phylogenetic Analysis Methods Discrete character methods (Maximum parsimony) Computer Lab PHYLIP: Maximum parsimony
11月18日 (星期二)
09:30 - 10:30 劉信孚 博士	Phylogenetic Analysis Methods Maximum likelihood method Statistical Test for Phylogenetic Trees Bootstrap analysis Computer Lab PHYLIP: ML, Seqboot
10:30 - 12:00 劉信孚 博士	The Other Phylogenetic Analysis Methods Quartet puzzling method: Likelihood mapping analysis Bayesian analyses Split decomposition method
Lunch break
13:30 - 15:30 劉信孚 博士	Detecting Recombination in Viral Sequences Similarity plot, bootscan plot Computer Lab Simplot, modeltest, MrBayes, Splits tree Examples of Applications Using Phylogenetic Analysis
15:30-17:00 林仲彥 博士	POWER (Phylogenetic Web Repeater) Power: Graphical interface of PHYLIP programs Palm (Phylogenetic Reconstruction by Automatic Likelihood Model Selector) 介紹：PALM為一個自動選擇最佳演化模型之生物分子親緣關係分析平台，共有24種DNA演化模型及96種蛋白質演化模型，可供本系統同時評估，依其統計結果擇取最佳模型再輔以Bootstrap分析，並進一步提供互動式親緣樹檢視介面，方便使用者對親緣樹型進行翻轉、交換，同時也可以透過圖像化方式刪除與新增分析序列，再次進行新的分析工作。PLAM以極具親和性的介面，大大地減少使用者的進行複雜多演化模型分析的難度與時間，使得生物學家能以更具統計意義的演化模型來解釋所建構出來的親緣關係，與其中所包含的生物意涵。

學員名單：

姓　名	單　　位	職　稱
于小雅	臺灣大學	研究生
王律棚	東華大學	研究生
王瑞菁	國家衛生研究院	研究助理
王　群	家畜衛生試驗所	助理研究員
朱有田	台灣大學	副教授
江慶華	臺灣大學	研究生
江蕙君	台灣大學	研究生
吳睿紘	臺灣大學	研究生
李宣萱	陽明大學	博士生
李筱薇	國防醫學院	研究生
周筑涓	中央警察大學	研究生
林思妤	台灣大學	研究生
林鶯熹	元培科技大學	助理教授
邱全芊	長庚大學	助理教授
侯宣伊	台北市立動物園	研究助理
孫豫芬	動物科技研究所	助理研究員
孫璧玉	海洋大學	博士生
徐光明	中興大學	博士生
高中蘋	國防醫學院	研究生
涂芳瑜	中興大學	研究生
張文傑	國家衛生研究院	研究助理
張伊鈞	台北市立動物園	研究助理
陳佳玲	藥物毒物試驗所	研究助理
陳怡君	長庚醫院	醫師
陳怡璇	台灣大學	研究生
陳明慧	中興大學	博士生
陳泰龍	長庚大學	博士生
陳煜焜	中興大學	副教授
陳燕萍	家畜衛生試驗所	助理研究員
傅子玲	屏東科技大學	研究生
曾　敏	食品工業發展研究所	研究員
游正宇	國防醫學院	研究生
黃思博	台灣大學	研究生
雷仲益	清華大學	博士生
廖珠佑	台灣大學	研究生
劉　蓉	台灣大學	研究生
墜怡杏	高雄海洋科技大學	研究生
盧孟弘	中國醫藥大學	研究生
蕭仲廷	中央警察大學	研究生
賴孟君	慈濟大學	助理教授
賴潔賢	大葉大學	研究生
駱紀東	長庚大學	博士生
戴道恩	國泰綜合醫院	主任醫師
謝育錚	台北市立動物園	研究助理
謝瑞帆	臺灣大學	研究生
鍾孟婷	動物科技研究所	研究助理
鍾建邦	東吳大學	研究生
簡淑婉	疾病管制局	助理研究員
關政平	農業試驗所	副研究員
蘇俞綾	署立豐原醫院	研究生

注意事項：

1. 本課程以 E-mail 發給學員上課通知，報名資格請勿轉讓或代理參加，如當天不克參加者，請通知我們以供備取學員遞補上課。
2. 請準時於 11/17 上午 8:30-9:00 之間報到，報到時將發給上課證供進出圖書館之用，請先出示上課證，待館員開門後進入，注意勿逕用手推閘門，以免閘門損壞。
3. 上課時可自行攜帶經由多重序列比對過的 DNA/Protein 序列以做為 Phylip 練習，並建議以純文字格式存在隨身碟中。
4. 進入教室前請將背包放入生圖 2F 櫃臺前之置物箱，並請遵守上課場所的相關規定。
5. 本課程恕不供應午餐。
6. 本課程遵守中研院規定，故不提供免費停車服務，開車者停車費請自行參考中研院網頁說明。

洽詢方式：

國家衛生研究院 生醫資訊組　汪詩海 先生
電話：(037) 246166 轉 33629
傳真：(037) 586410
E-mail：service@tbi.org.tw
地址：350 苗栗縣竹南鎮科研路 35號